臺南市政府水利局為配合國家前瞻綠能建設計畫，協助於臺南市沙崙綠能科學城建置污水系統，以解決綠能科學城污水排放問題，防止河川水體的水質污染；並提供沙崙綠能科學城完善的基礎建設，協助綠能產業聚落發展。
水利局說明，沙崙綠能科學城位於高鐵台南站附近，目前高鐵特定區污水下水道系統已於民國93年建置完成，惟區內目前無污水處理廠可處理污水，若單獨設置污水處理廠，尚須辦理用地徵收且其興建時程約需5年，又科學城進駐場戶之工程建設已於今(107)年5月陸續動工，恐難以配合沙崙綠能科學城之營運時程。水利局表示為推動地方建設已積極爭取前瞻特別預算，並經行政院已於106年7月6日核定於「科學城低碳智慧環境基礎建置-公共建設部分」，本計畫預計投入7.93億元，預計於106年至110年間完成沙崙高鐵特定區周邊之「高速鐵路台南車站特定區既有污水管線CCTV檢視及第一階段整建工程」、「綠能科學城污水專管工程」及「仁德水資中心用地取得作業」，規劃興建8.2公里管徑500~1000mm的專管及整建既有污水管線將特定區內污水納入既有之仁德水資源回收中心處理，辦理時程將可以大幅縮短，且不須另行設置污水廠亦可降低後續營管費用，創造雙贏局面外，另整併原高鐵特定區污水系統已損壞之部份，改納入新建之專管，不但可降低既有污水系統整建費用及施工時程，亦可提升排放污水性能及減少地下管線數量；且有預留專管供可能納入污水排放之單位接入(如：大潭社區、臺南看守所及監獄、國震中心等)，提高歸仁區地區性污水接管率，完善本市基礎建設。
水利局強調現「高速鐵路台南車站特定區既有污水管線CCTV檢視及第一階段整建工程」已於107年1月份開工，另「綠能科學城污水專管工程」已於本(6)月完成規劃設計，已於6月26日上網公告招標，歡迎工程界先進踴躍投標，與本府一同攜手協助綠能產業聚落發展，打造本市更完善的基礎建設，營造出更適合市民居住的環境。