臺南市政府水利局組織架構圖說明： 局長→副局長→主任秘書→總工程司→專門委員(2人)→副總工程司(2人) 底下分為4室：秘書室、會計室、人事室、政風室、９科：水門抽水站管理科、污水養護工程科、污水新建工程科、雨水下水道工程科、水土保持工程科、水利養護工程科、水利新建工程科、水利行政科、綜合企劃科。
