喜樹地區地勢較為低窪，平日水流已不易排放，若逢颱風暴雨來襲，加上日新溪海水倒灌，往往容易造成嚴重淹水，雖然於98年設置喜樹抽水站後淹水問題已有大幅度改善，但台南市長黃偉哲認為治水與防疫一樣都需要超前部署，考量南區喜樹抽水站原本於101年所裝設之第5號機組設備較為老舊，抽水機組之抽水效能已逐漸降低，市長黃偉哲要求水利局以市府自有財源來針對老舊之5號機組進行機組更新作業，目前已設計完成，刻正辦理招標作業，工程經費總計新台幣1,500萬元整，預計明年汛期可投入防汛作業。
南區喜樹抽水站於民國98年完工，抽水量為20cms(4台5cms抽水機)，歷經98年88風災及多次的颱風豪雨，在抽水站加強抽排方式，已有效降低喜樹社區淹水頻率，後為因應極端氣候，水利局於民國101年，向台北市政府商借具備抽水能力的老舊機組，並重新整理後安裝於喜樹抽水站使用，成為第5號機組，提升喜樹抽水站的整體抽水能力以增加防洪能量。
老舊抽水站機組更新為近年水利局持續不斷進行之工作，針對已無修繕效益的機組設備進行汰舊換新，不僅可以確保抽水穩定性，也可降低日後維護成本，其中喜樹抽水站做5號機組更新後，可有效加強喜樹周邊社區防洪功能，亦可保護週邊的漁業養殖，使得鄰近的豐富生態與歷史文化的資源生態保護得以兼顧，減緩目前喜樹地區易積淹水之情形，讓台南成為一個宜居城市。