為保育地下水資源及加強地下水管理，避免地下水過度使用造成地層下陷，影響市民人身財產安全，臺南市政府水利局積極推動水井管理政策，自112年起辦理水井納管作業，受理申報於99年8月4日前鑿設且未辦理水權登記既有水井，納管後可避免遭檢舉而封井，且有取得合法水權機會。自今(113)年4月起將辦理地下水一級管制區水井申報納管複查作業，針對轄內納管水井辦理複查暨貼標籤作業，透過現場訪談、測量等方式，建立水井基本資料，以利後續地下水管理。
水利局表示，今年預計4月起辦理地下水井現地複查作業，規劃以北門區、學甲區、鹽水區、安定區地下水一級管制區分區方式依序進行，並由專人電話通知約定複查時間，若申請人無法親自到場辦理，請備妥申請人及代理人身分證明文件並至現場填妥委託書，現場除了確認基本資料及調查水井狀況（坐標、地段號、井深、井徑、出水管徑、抽水機位置、型式及馬力、電表電號及用水標的與範圍），農用水井另進行水電比檢測，透過用電量測定抽水量。為節省民眾寶貴時間，請於預定複查日期前清除水井周圍草叢，以加速複查作業進行。
此外，水利局統計，截至去(112)年12月底，已受理超過2萬5000件既有未登記水井納管申報案件，但仍有部分民眾未及申報，黃偉哲市長為保障水井用戶權益及落實地下水保育，特別再開放受理申報納管，申報時間於113年4月1日起至113年8月2日截止，時間有限，煩請尚未申請地下水井納管鄉親儘速於申報截止日前申請，以維護自身權益，申報方式可就近就近至各區公所或至臺南市政府民治行政中心服務台、永華行政中心服務台或安平水資源回收中心收件窗口填寫申報書後投至專用信箱；或透過「臺南市政府水利局」網站「水井納管申報」Web平台申報(水井納管申報網址：https://wrbwell.tainan.gov.tw/wellmis_manage/wellapply.aspx)；另可以手機下載「水井納管申報及查詢」APP申報，同時設置水井納管專線06-6321212，主動輔導解決民眾申報問題。
水利局強調，水井納管除了可保育地下水資源外，對於使用水井民眾而言，接受輔導合法取得水權後，可以獲得合法用水保障，另外，為減輕農民負擔，經水井納管之農業用水井免收各項水權登記規費。倘未登記水井逾期未申報且經查獲者，將要求限期自行封填水井並可能面臨罰鍰處分，請各位鄉親踴躍申報，讓珍貴地下水資源合理使用，並同時維護自身用水權益。