臺南市長黃偉哲就任以來，將改善淹水作為施政重點，以總合治水觀念打造海綿城市，並促進水資源永續發展、追求與自然環境間的和諧與平衡為現代化水資源管理新理念，積極針對各區域排水進行整治，包含菁寮排水、永隆溝排水、港尾溝溪排水、六塊寮排水等，整治範圍遍及全市，並針對本市水環境逐步推動「治水」、「淨水」、「親水」等三大策略。
流經包含永康區、東區、仁德區及南區等區的重要排水—三爺溪，整治歷經多任市長及縣長，在近幾年進入主流治理，其工程經費逾47億元，由地方與中央攜手協力，於111年完成全線主流整治，累積整治超過10公里，並完成7座大型抽水站、改建8座橋梁（已完成：仁德一號橋、洋子下橋、文賢橋、鐵路橋、永寧橋、鯽魚橋，改建中：晉祥橋、萬代橋），大幅削減積淹水面積，經檢視各項改善工程在陸續完成之後，逢短時強降雨就易淹水的崑山科大及中華醫大校區，近年已無發生淹水情形。三爺溪流經區域的淹水面積也逐年改善，從107年0823豪雨時曾淹水260公頃，縮減到110年的0731豪雨10公頃，大幅降低了96%。
另外本市也持續投入雨水下水道及抽水站建置，自黃偉哲市長上任以來，投入於30億元，建置近40公里雨水下水道，目前全市雨水下水道長度約738公里，為全國最長，實施率約78.6%；另亦投入近30億元新建14座抽水站，目前有8座已完工，另有6座建置中，全市抽水站為總站數為62站，預期將可大幅改善淹水陳痾。
針對本市沿海地區，因其地勢低窪、海水漲潮及暴潮威脅，使得抽水效益不彰亦無法宣洩逕流量，進而造成淹水災害，故因地制宜採用「部落防護工法」，透過設置防洪閘門、二道防線-路堤或防洪牆、改善社區蒐集水路及提升抽水能力等多管齊下，目前北門、學甲、七股、將軍、柳營、麻豆、後壁及新市等區計有31處部落防護社區，自市長上任以來，針對部落防護已投入逾3.3億元，保護面積逾200公頃。
而臺南海岸線長度近70公里，北起為八掌溪口，南至二仁溪口，從北到南涉及許多管轄機關，自市長上任後，投入近3.7億元，與中央機關合作，分工辦理人工養灘、海堤整建、沙洲復育、潟湖清淤及長期監測空拍調查，目前人工養灘長度已逾3,000公尺、海堤整建亦逾3,000公尺，復育沙洲面積約23.5公頃，疏濬潟湖淤砂40萬立方公尺，有效改善海岸侵蝕及海岸環境的效果。
針對污水處理，目前本市已推動7處污水系統，分別為安平、虎尾寮、柳營、官田、仁德、永康及安南等，公共污水下水道普及率截至112年11月底為27.67%，公共污水下水道接管戶數增加逾20萬戶，另考量南科園區因已有完整的科技聚落，科技人才不斷進駐加上重大設廠計畫持續推動，市府已完成「新市善化系統」整併計畫、另實施計畫亦規劃中，預計投入總經費約70億元，另外，目前規劃污水管網涵蓋面積約1,400公頃，計畫服務人口數逾13萬，新建一座水資源回收中心，每日處理污水量可達3萬噸之民生污水，此外，為活化河川並帶來生機，市府積極執行各項水污染防治工作，並搭配活用河廊改造策略，結合生態工程概念，辦理水質淨化場工程，自市長上任以來已完成劉厝排水水淨場、竹溪水淨場及月津港水淨場，目前本市計有13座水淨場，每日約可處理逾11萬噸污水。
同時考量未來極端氣候變遷及半導體產業快速成長之用水需求，市府持續推動再生水建設，投入近84億建置永康、安平及仁德三座再生水廠，今年起每日可提供4.55萬噸，明年則將提升至每日6.3萬噸，預計115年可提供至每日9.0萬噸，期使一滴水可多次利用，穩定產業用水來源，達到水資源再生及永續循環經濟之目標，此外，市府也爭取海水淡化廠設置，將淡化後海水導入民生公共系統，並將海淡廠的營運管理成本轉由廠商認購，落實企業社會責任、確保用水生產穩定，未來也將引進國際優秀的海淡建廠技術，提升國內的海水淡化技術與扶植海淡產業。
此外，市府也結合治水、淨水工法來打造親水環境，如舊市區唯一未加蓋歷史水脈—竹溪，因城市發展、民生污水排入，扼殺了河川的自然生態，另過去排水治理多以「安全」為導向，造就「三面光」的河道，環境不佳、水質不佳也沒有足夠親水空間，逐漸讓竹溪失去生命力，市府投入近12億來改善水質並營造親水河岸景觀，同時將竹溪河道拓寬增加河川通洪斷面，降低水患威脅，也串聯周邊體育園區，將藍帶水岸空間拓展為面狀、網狀的綠地開放空間，同時透過逕流分攤設計，降低竹溪的洪峰量及污染等負擔，重新賦予竹溪生命力，也還給市民朋友親近大自然的機會。
而鹽水區昔臨倒風港內海，為北方的八掌溪與南方急水溪沖刷而成的三角地帶，因形狀恰似新月，使鹽水有「月津」、「月港」之別稱；因貿易及轉運人口往來頻繁，造就了「一府、二鹿、三艋、四月津」之譽稱，雖倒風內海因泥砂填積，海岸線逐漸東移，鹽水不再臨海，但每年月津港燈會遊客絡繹不絕，已成為地方特色景點，黃偉哲市長上任以來已投入2.6億，針對景觀、文化、水質、水利、交通等推動改善措施，用「共生共榮，永續生態」的思維，打造整體計畫的整治方針，除了水域邊坡岸際採用多孔隙石籠、草坡護岸供生物棲息、透水磚步道及生態草溝進行生態友善的排水整治，也整合周邊地區民生污水管線進行截流並設置淨水廠，徹底的從源頭淨化水體，並於岸邊設置親水步道及環狀自行車道，讓民眾可以親近水環境，另外也將鹽水古鎮的歷史元素與設計概念結合、整治現有水路及疏濬已淤積的古河道，重新為水域生態注入新能量，讓因為污染而沉寂許久的月津港水岸逐漸恢復往日生機盎然的景緻，重新塑造月津港人文意象。