為因應小犬颱風來襲，臺南市長黃偉哲要求加強防颱整備工作，未雨綢繆保障市民生命財產安全，其中針對颱風期間大潮且配合海巡署發布禁航令，水利局於今(4)日上午6點即時關閉「六成排水防潮閘門」，避免潮位過高發生海水倒灌，造成龍山社區受到海水潮位頂托而溢淹。另安平運河也裝設舌閥，並調派抽水機組於現場待命；北門區永隆溝排水已完成護岸加高約200公尺，並針對側溝銜接排水管道進行封堵作業，將側溝截流導往鹽田，以免大潮及颱風暴潮造成海水倒灌。
此外，水利局已於2日針對水利建設及在建工程啟動防汛巡檢作業，全市60座抽水站、轄下逾1,700座水門及492臺移動式抽水機皆已完成整備可正常運作，妥善率皆達100%。另外，水利局也指示操作人員務必保持警戒，亦通知各區災害搶修險廠商待命警戒，即時因應相關災害，水利局及各區公所也備妥約24萬包砂包，並將近3,700片防水擋板分配給31個區公所及防災社區運用。
據統計，截至9月底止，本市雨水下水道箱涵清淤總長度逾80公里、清淤量約1.6萬噸；區域排水清淤總長度逾454公里、清淤量約5.8萬立方公尺；市轄內滯洪池管理單位也已預先降低池內水位，洩降完成後可增加約1,100萬噸蓄水空間，同時水庫管理單位也依蓄水需求妥善評估洩水，以維持蓄洪空間。
水利局提醒市民朋友可利用臺南市政府官方Line群組、「臺南水情即時通APP」，隨時瞭解水情狀況及氣象情資，提早進行防災及避災準備。另若發現側溝落水口、水溝蓋或私人溝渠有樹葉、雜物阻塞或塑膠墊覆蓋等情形，亦請市民朋友協助清除或通報市府1999市民服務熱線處置，以加速排水。