鹿耳門溪口因上游匯集嘉南大圳排水路、溪南寮大排、土城仔大排、竹筏港之一排水、竹筏港之二排水等排水路，長期累積排水泥砂，加上河口地勢平緩，流速不足，更受海岸地形、潮汐影響，海岸漂沙亦於溪口沉澱，最終造成出海口長年淤積，雖未影響排水功能，於退潮時可能影響漁民進出港航行安全。
往年由市府農業局編列預算，並由漁港所辦理疏浚作業，配合漁民養殖季節分別於上下半年各清疏一次，每年疏濬量體約為2萬至2萬5千立方米，本年度已發包「112年度臺南市漁港泊區航道清淤工程(開口契約)-鹿耳門溪出海口航道疏濬」，將於近日內開工進行鹿耳門溪出海口疏濬作業，以維持航道暢通。
但由於出海口水流流速過於緩慢，導致疏濬完成後在短時間內又會有大量漂砂回積，疏濬成效大打折扣。為利達成長期成效，市府跨局處整合，由臺南市政府水利局於108及109年委託財團法人成大研究發展基金會辦理兩期「臺南市鹿耳門溪口海岸監測調查及淤沙問題之研究評估」，透過基本資料收集、地形測量、海象觀測及數值模擬分析等作業，研究歸納鹿耳門溪口淤淺機制，並規劃河口減淤改善方案。
經檢討長期改善方案，水利局預計辦理「臺南市鹿耳門溪口減淤改善工程」，工程內容包含航道疏濬、束流工設置、養灘及後續成效監測。該工程已完成基本設計，束流工佈設長度規劃為150公尺，起點自導流堤堤頭往內和延伸，走向平行導流堤，以混凝土基樁沖樁方式施作，疏濬之砂土將用於四草海堤外海岸養灘。工程所需經費約5,050萬元整，已提報前瞻計畫第七批次全國水環境計畫，積極向中央爭取相關經費。
水利局表示，該工程完工後可將航道範圍內水深增加至1.5公尺，供四草漁港作業船隻進出，並且藉由提升鹿耳門溪航道內水流流速，達到減緩淤積的效果，後續配合漁港所定期疏濬暢通航道，以保護漁民生命財產的安全。