三爺溪排水為臺南市仁德、永康一帶的重要區域排水，由於地形條件影響，沿岸周邊也是歷年最容易淹水的地方。臺南市長黃偉哲高度重視三爺溪的治水工作，颱風豪雨期間亦屢次親自到場視察工程進度及防汛整備，其中中華醫事科技大學校區、萬國製藥廠及文華一街周遭較低窪地區，每逢颱風豪雨時，常因三爺溪水位暴漲造成積淹水問題，所幸本段三爺溪主流已完成整治，也於今(110)年6月歷次豪雨事件發揮效果，同時為強化週邊堤後內水排水效能，水利局接續辦理「臺南市仁德區TF幹線及TF支線雨水下水道工程」，預定110年底完工，提升該區域保護標準。
水利局表示，目前三爺溪中下游段刻正由水利署第四河川局、第六河川局、第七河川局及臺南市政府等單位協力辦理整治工程，工程進展順利，預計民國111年底可完成三爺溪主流全段整治工作，在區域排水外水問題改善後，堤後內水及社區排水亦加緊腳步辦理，市府也透過「前瞻基礎建設計畫」向中央爭取整治經費，本次再獲內政部營建署補助3,320萬改善周邊雨水下水道設施。
水利局說明，本工程已於今年4月開工，工程改善長度全長約1,400公尺，採用新建箱涵、明溝擴建、增設抽水井等方式，加大原排水斷面以加速洪水排放效率，進行雨水系統全面改善。目前主要進行施工範圍為仁德區仁德里文華一街、文華路三段及民安路一段周遭之排水區域；整體工程預計今年年底完工，後續再搭配目前辦理發包的崁腳抽水站工程，完成後可降低淹水面積約44公頃，保護中華醫大周遭含師生約9千餘人的生命財產安全。
黃偉哲市長最後強調，治水「沒有最好、只有更好」，未來天氣型態及雨量可能因為氣候暖化更難預測，但市府會持續努力改善三爺溪排水流域的沉痾，讓仁德、永康地區的民眾與商家免再受到洪患之苦。