溪尾排水系統位於臺南市，行政區域隸屬善化區及麻豆區，屬區域排水，於善化區胡厝寮附近匯入曾文溪，主支幹線長度約20公里，集水區面積約21.2平方公里，溪尾排水下游段出口附近(善化區及麻豆區)長期以來因曾文溪外水倒灌飽受淹水之苦，每逢颱風豪雨發生時，曾文溪水位高漲即由溪尾排水出口灌入，因出口受曾文溪迴水影響造成水位壅高漫溢兩岸等問題。
為了改善溪尾排水之淹水問題，經濟部水利署第六河川局於民國97年8月完成「易淹水地區水患治理計畫縣(市)管區排溪尾排水系統規劃」以及103年7月之「曾文溪水系曾文溪治理規劃檢討」等報告，針對溪尾排水整體治理改善提出對策，由經濟部水利署第六河川局「流域綜合治理計畫第二期治理工程」核定補助經費9,000萬元，辦理溪尾排水出口段閘門工程，主要將曾文溪溪尾排水出口及蘇厝堤防缺口兩處封閉避防止曾文溪外水倒灌，並配合溪尾排水滯洪池工程下游出口附近之洪水排至滯洪池續溪。
本計畫溪尾排水出口閘門工程，包含堤後垂直閘6扇及堤前自動閘12扇，結構物長28米、寬12米，於105年12月14日開工，工程歷經多次豪雨及颱風肆虐下，於 今(107)年1月底完成所有機組測試，6月申報完工，隨即於107年6月13日豪雨投入防汛任務，保障居民生命財產安全，有效解決曾文溪外水倒灌之問題，大幅減少溪尾排水中下游段(善化區及麻豆區)之淹水風險保障人民生命財產安全，本案共計保護人口約5000人，並減少淹水面積達580公頃。