台南市東區虎尾寮地區地勢較高，每遇大雨，雨水順地勢而下，又遇高速公路阻隔，故高速公路側車道兩側低窪地 (交通部高速公路局南工處旁)，每逢大雨常造成淹水，103年及104年間的豪雨甚至淹水至少約40公分，因此極待改善，水利局爭取流域綜合治理經費及市府自籌經費合計1.29億，預計於105年10月可完成階段性工程。
水利局表示，該區域位於台南市仁德區西側與東區東側交界處，地勢由西往東傾降，因下游三爺溪排水系統尚未整治完成，又受高速公路阻隔，造成圍堤效應，故高速公路與大灣排水間低窪地區居民常受淹水之苦。為了改善此狀況，研議利用該區域自然環境條件，透過西側高地排水與東側低地排水分流策略，解決低窪區域淹水情形，再配合東區往仁德區域排水系統(建國排水)改善，將低地河水導引至各抽水點(井)，以機械抽排方式改善積水區域，降低淹水災情。
改善工程說明如下：
(一)、東區建國排水應急工程：建國排水，屬於大灣排水支流之一，因建國排水上游為公墓區，流路大致沿仁德區與東區區界穿越中山高速公路，起點匯入大灣排水，全長約850公尺，除上游段零星處為混凝土護岸外，現況均為漿砌石護岸，且護岸老舊失修，已瀕損壞邊緣，為解決當地百姓淹水之苦，水利局積極向經濟部水利署爭取【流域綜合治理計畫】經費1,170萬元並自籌2,630萬(合計3,800萬)，辦理應急工程已於104年8月底完竣。
(二)、建國排水改善工程：水利局為提昇該區域整體防洪功效，又自籌經費新臺幣3,900萬元，同步辦理整治工程，工程內容為護岸加高、高(低)地截流水等工作，並增加該區域低漥區域排洪功效，降低低窪區域淹水情形；改善方案施作工程有:改善老舊護岸、裝設自動閘門及舌閥管制排水進出、沿岸箱涵橋改建及交通部高速公路局南工處下方既有箱涵補強及周邊抽水平台新建，以改善降低低窪區域淹水情形，工程預計於105年5月底完竣。
(三)、臺南市東區虎尾寮地區(裕平路以北至裕農路) 周邊排水改善工程：仁德高速公路匝道出口，因建國排水改善工程完竣，已無淹水情事，惟東區虎尾寮主要淹水區域為文德路至裕義路低窪地區，以及太子路近高速公路涵洞處，仍亟待改善中，又該區域地勢由西側臺南台地向東側大灣低地傾斜，當三爺溪水位高漲時，因裕義路高程過低，無法倚靠地勢將水排出，故屬易淹水地區，水利局為解決該區域淹水情形，自籌經費新台幣5,200萬元，採高低地分流策略，並以10M等高線為界，劃分高地及低地排水，使高地排水能以重力流排放，並配合抽水機排放低地排水，有效降低易淹水區域積淹風險，工程預計於105年10月底完竣。
水利局強調，三爺溪近幾年來已陸續投入近25億元辦理整治，沿岸百姓也感受到市府治水成效及決心；水利局再表示，治水工程需仰賴中央財政支援，更需地方百姓配合與力挺，未來將持續監控建國排水周邊設施及低窪區域集水區改善，並配合虎尾寮地區排水改善方案，納入集水區南側至裕農路一帶約6公頃之區域改善，以解決低窪區域淹水情形，能帶給市民更安全的生活環境。