鹽水溪排水線及大洲排水為臺南市境重要河川，因集水區內工業發達、畜牧業及人口影響，導致鹽水溪排水線及大洲排水污染負荷大，長久以來造成河水烏黑並發出臭味，部分河段已呈厭氧狀態，嚴重影響環境品質，市府水利局已向環保署爭取經費4,000餘萬，市府編列約2200萬，合計約6200多萬辦理「新市排水水質淨化場工程」，預期工程完工後可減輕大洲排水線污染情勢及改善鹽水溪主流污染負荷。
根據歷年實際水質檢驗成果顯示，大洲排水全線屬嚴重污染現況，其中以新市排水污染較為嚴重，且區域內尚無下水道工程施作期程，短期內無法改善大洲排水及新市排水水質現況，本局於101年辦理「鹽水溪排水線水系污染整治評估規劃及細部設計計畫」，並完成「新市排水水質淨化場工程」興建規劃1處6,000 CMD處理量之現地水質淨化場。
「新市排水水質淨化場工程」工程經費約新台幣5,700萬元，將於104年12月發包，主體工程計12個月（包含3個月試運轉作業），預計於105年底完工並接續進入功能成效評估，放流水質可達到BOD（生化需氧量）≦9.18 mg/L，SS（懸浮固體）≦9.26 mg/L，NH3-N（氨氮）≦3.00 mg/L。正式運轉期間預計BOD污染削減量為161.1 kg/day，削減率為74.6%，SS污染削減量為124.6 kg/day，削減率為69.2%，NH3-N污染削減量為42.0 kg/day，削減率為70.0%，可減輕大洲排水線污染情勢及改善鹽水溪主流污染負荷。
原工程場址為既有停車場，考量不影響停車需求，市府水利局依「都市計畫公共設施用地多目標使用辦法」，符合第三條第三項作為「地下作自來水、下水道系統相關設施或滯洪設施使用」，採地下化設置，施工後將恢復原停車場各項設施、位置與功能，工程完工後除可改善新市排水及鹽水溪污染情形外，將可兼具「水質淨化成效」及「都市空間利用」雙贏之收穫。