臺南市政府水利局自100年迄今總共取締封填違法之地下水井共計約500口，對臺南市之地下水保育及地層下陷防治卓有成效。103年度再獲中央同意補助400萬元整，持續推動違法水井之查緝工作。
臺南市由於轄區遼闊，市民大都從事農漁業，以往對於地下水保育觀念較為薄弱，造成擅自鑿井超抽地下水情形嚴重，臺南市水利局為了地下水保育及防止地層繼續下陷，採取多元化的策略。一方面積極向中央爭取補助經費辦理相關查緝封填作業，一方面輔導鼓勵農漁民業者使用地面水，凡繼續使用地面水，申請水權展延減免申請規費1200元，同時鼓勵海水養殖，對引海水養殖之業者申請水利建造物許可書之規費亦可減免。
臺南市政府水利局以每年封填200口違法水井為目標，並均達成此績效，深獲中央肯定，於今年8月23日「健全水井管理策略與查察管理技術提昇研究計畫」審查會議中，受與會專家學者之讚揚，同時中央亦同意補助103年度經費400萬元，作為本市違法水井處置及防止地層下陷之經費，期以有效減抽地下水量，防治地層下陷。