為使市民能早日脫離淹水之苦並營造親水環境，水利局在治水經費有限情況下，持續推動流域系統整治策略，經最近的颱風豪雨考驗，淹水面積逐年減少，証明治水已初具成效，同時污水下水道用戶接管率提升至21.57%，環保署補助5座水質淨化場年(103)底陸續竣工啟用，對本市水環境改善將有莫大助益。
台南市轄區過去為古倒風內海、台江內海地形，地勢低窪而排水不易，探究地區過去淹水的原因，除先天地形因素外，包括堤岸老舊、土溝結構薄弱、排水路通水斷面不足、都市地區雨水下水道建置不足等原因，易淹水面積居全國之冠，估計本市治水經費約需650億，目前向中央爭取169.68億元，尚不足約480億元。
為使市民能早日脫離淹水之苦，水利局研議了流域系統式整治策略，運用這些得來不易的治水經費，使這些經費能發揮最大效益。
台南市除與中央合作爭取經費治水外，也克服萬難自籌16億應急治水預算以補強易淹水計畫治理工程，共計整治30條水系使中央補助之169.68億治水經費，發揮最大效益。
本市淹水面積已經從莫拉克颱風時的55,000公頃，大幅降至去(102)年康芮颱風的3,300公頃，更進一步今(103)年812豪雨的1,657公頃，以往遇雨即淹的三爺溪沿岸、仁德工業區、保安、二行里、麻豆大小埤、北區鹽水溪沿岸等地區，淹水都有明顯改善，這些成效證明，台南市政府水利局流域系統整治策略，是可達事半功倍，後續將以此治水策略爭取6年660億綜合治理計畫經費。
另與市民生活息息相關之雨污下水道建設，水利局也是有計畫的逐步推動，水利局每年投入1.4億元在雨水下水道建設，並已完成人口稠密地區如仁德、永康、新市及永華六區雨水下水道重新規劃檢討，使這些地區雨水下水道建設能符合現況。而污水下水道普及率從縣市合併時的11.57%提升至21.57%，成長將近一倍。又爭取中央補助5座水質淨化場，改善二仁溪流域、鹽水溪流域水岸生態環境，期能為市民營造更好的生活品質。