污水下水道為改善環境衛生及河川污染的直接方法。市府為提供市民一個健康的優良居住環境，積極推動污水下水道系統建設，並列入新臺南十大旗艦計畫積極推動之重點。本市污水下水道系統目前已佈設污水管線及進行用戶接管之區域範圍包括安平系統（安平區、中西區、鐵路以西之北區及竹溪以北之南區）、東區之虎尾寮、柳營系統(柳營都市計畫區、太康村、新營區興安里全部及部分之南興里、興業里、永生里、延平里及好平里等六里）及官田系統(官田都市計畫區及二鎮)。縣市合併後，截至104年2月底止，本市用戶接管戶數累計已突破10萬2千戶且普及率已提升至21.75％，改善居住環境品質效益日漸顯著。
水利局表示，為加速提升污水管網到達區域之用戶接管普及率及提升維護管理污水管線服務品質，預計於今年度投入經費約新臺幣2,000萬元辦理，所提供之服務如下：(一)受理民眾申請各項新建、增建及改建或既有房屋等接入本市公共污水下水道系統，除有效推動用戶接管、提升接管普及率並加速改善居家環境衛生；(二)設立24小時服務專線(06)298-0263以解決民眾陳情污水堵塞情形，本局採即報即清之方式辦理清疏作業，針對公私分界點外之污水下水道進行清疏，不僅快速解決污水管線阻塞問題且適時化解民眾疑慮，提高服務品質。
水利局說明，民眾如有接用污水下水道之需求，本局針對公共污水下水道管網到達地區，提供受理本市用戶申請各項新建、增建、改建、修建、整建或既有房屋等申請接入污水下水道系統，民眾提出申請時，應檢附申請書、本局核發之污水管渠套繪圖及用戶排水設備設置審查核定公文及書圖等文件至本局申請，亦可撥打本局電話詢問，將有專人詳盡說明，此服務俾利民眾辦理下水道用戶排水設備之接管及延管申請。
水利局指出，用戶接管後，如有發現管線阻塞情形，本局在接獲民眾通報案件後立即派員前往現場查看阻塞之原因，並將檢查結果告知民眾：如檢查公私分界點外之公共污水管渠(污水連通管)沒有堵塞情形，會妥適的向民眾解釋可能是自家內部管線有阻塞狀況，並請住戶自行清理維護；若是檢查為公私分界點外之公共污水管渠(污水連通管)堵塞，本局則立即安排廠商疏通以解決民眾急迫問題。
水利局呼籲，針對公共污水下水道管網到達地區，本局受理民眾申請各項新建、增建及改建或既有房屋等接入本市污水下水道系統且維持污水管線排水功能正常運作，不僅提升用戶接管普及率及戶數，讓市民享有污水下水道系統建設成果，更保護我們的生態環境、美化家園，提升本市的生活品質。