三爺溪排水幹線全長約13km，集水面積約63 km^2，是二仁溪河口段之主要支流，由於集水區範圍都市化程度高，加以區域排水路坡降平緩及受限兩岸土地開發，通水斷面不足，因此仁德工業區於豪大雨或颱風來襲時，因三爺溪排水宣洩困難而發生淹水災害之情事，顯示三爺溪防洪程度之不足。
為解決水患問題，水利局未雨綢繆，陸續於101~102年先行針對人口密集與工業區三爺溪主支流採「應急方式」整治，包括三爺溪萬代橋上下游、一甲土庫排水等進行應急加高工程，102~104年再針對局部地勢較低窪地區配置堤後排水工程，包括應急抽水站、壓力箱涵分流、應急抽水點設置，近2年再針對主流局部渠段進行浚深、拓寬、臨時加高(鋼版、太空包、石籠)。即三爺溪現況採分段應急治理方式整治，治水工程範圍其治水工程範圍涵蓋三爺溪鯽潭橋至五空段及三爺溪左岸各支流諸如大灣排水、太子廟中排、一甲土庫排水、仁德排水、上崙後壁厝排水、大甲排水等支流和堤後排水路、應急抽水站等。在中央政府支持與市府團隊努力整治下，已有明顯減輕三爺溪左岸流域因護岸高度不足而衍生之水患問題。
水利局針對長期治水，於三爺溪瓶頸段(一甲排水出口至鯽潭橋)辦理護岸整治工程，已積極向經濟部水利署爭取【流域綜合治理計畫】經費約2億6,500萬元，辦理一甲排水出口至鯽潭橋護岸新建工程，將原有河道13~17公尺拓寬至17~20公尺，並濬深河道約1.5公尺；為加速治理工程推動，共分3標案同步進行(1)【三爺溪排水土庫溝排水出口至鯽潭橋段護岸整治工程】經費約新台幣1億6,000萬元、預計於107年汛期前完工、(2)【三爺溪排水一甲排水出口至土庫溝排水段護岸整治工程(一工區)B標】經費約新台幣6,000萬元及(3)【三爺溪排水一甲排水出口至土庫溝排水段護岸整治工程(二工區)】經費約新台幣4,500萬元，由仁德區公所代辦，預計於106年底完竣，仁德工業區及高速公路沿線長期積水問題可望紓解。
水利局局長表示，101年5月20暴雨造成淹水面積達1,576公頃、105年9月27日暴雨淹水面積已降低至250公頃，由此證明三爺溪這些年來，經市府各機關及地方配合努力後，治水成效明顯；水利局長彭紹博最後強調，市府後續仍規劃多項三爺溪排水整治工程(如萬代橋改建、歸仁高鐵分流等)，易淹水面積大幅降低，市府團隊的努力，將讓該地區民眾逐步脫離長年淹水的痛苦。