港尾溝溪排水系統因出口段地勢低窪、高低地排水不良、現有排水路通水斷面不足，再加上上游都市發展迅速等原因，常造成仁德及歸仁區淹水現象產生；為解決仁德及歸仁區淹水問題，市府及經濟部水利署第六河川局依據「港尾溝溪排水系統 港尾溝溪排水、沙崙武東窩仔底排水治理計畫」辦理相關整治工程，目前已經完成下游出口段背水堤、水閘門、抽水機平台以及滯洪池、中游疏洪道等改善工程及港尾溝溪排水應急加高工程，對於高速公路下游仁德及保安工業區等區域淹水已有顯著之改善成效。至於中游疏洪道部分目前六河局正辦理港尾溝溪排水中游疏洪道後續改善工程工程經費計新台幣166,420,000元，進度約74%，俟工程完工後，將可改善下游淹水情勢。
然水患治理工作需持續整體區域治理方可得到最佳效果，故本局針對排水路之整體改善措施持續於「流域綜合治理計畫」第1期辦理辦理港尾溝溪排水護岸工程(5K+300~6K+917)河段改善 (疏洪道出口至溪子巷橋下游)預估經費計新台幣232,901,000元整(用地費137,051,000元、工程費95,850,000元)，並於第2期爭取經濟部水利署補助港尾溝溪排水上游護岸改善工程(6k+917~8k+200)改善預估經費計新台幣189,222,000元整(用地費111,354,000元、工程費77,868,000元)及港尾溝溪排水下游護岸改善工程(4k+300~5k+224) 預估經費計新台幣45,000,000元整(用地費25,000,000元、工程費20,000,000元)。
為達成此一目標，水利局自103年度起即著手辦理河道範圍(5K+300~6K+917)用地取得作業及協調地主先行同意提供土地及配合地上物拆遷，並同時展開工程規劃設計作業，於104年完成用地取得及測設作業，預計105年辦理招標作業及進場施作，因此本局持續辦理港尾溝排水路整治工程，將原排水路斷面過窄、護岸高度不足，藉由河道拓寬改善強化排水防洪功能，預期改善工程分期完成後，可逐步減少計畫區域內淹水面積及淹水深度，並縮段淹水時間，保障居民居住安全，有效減輕洪災損失並帶動鄰近地區土地利用價值。