本市地層下陷範圍多位於沿海地區，為兼顧沿海養殖漁業市民生計及同時達到國土復育、減少水患之目標，台南市政府水利局於經濟部地層下陷防治會報中建議中央應將本市養殖區納入6年660億「流域綜合治理」計畫，辦理產業調整及築高塭堤等方案，減少用水需求、增加蓄洪面積，打造不淹水家園之環境。
水利局表示近年來雖然本市地層下陷問題在市府團隊努力及市民配合監督下，下陷狀況已漸趨緩，惟本市地層下陷範圍多位於沿海，每逢颱風豪雨，則易成為淹水地區。故在考量沿海民眾生計之保障及確保其生命財產安全之前提下，養殖區政策之改善調整有其必要性。
經濟部水利署水利規劃試驗所「台灣嚴重地層下陷地區國土復育整體規劃」已針對本市提出淡水魚塭應採循環水養殖，減低淡水使用比例，及加高塭堤增加蓄水空間等改善策略，故水利局建議養殖區應朝向改善養殖方式及增高魚塭堤岸兩方向辦理。其中改善養殖方式，利用循環水養殖或生態養殖不僅可達到節水、減抽地下水之效益更能增加低地蓄洪空間，減低排水排洪壓力；而增高魚塭堤岸則可減少逕流，增加蓄洪能力，減少數十公頃之溢淹面積。
臺南市政府將持續向中央建議6年660億「流域綜合治理」計畫增納養殖區調整改善方案，並向漁民推廣宣導循環水養殖或生態養殖及增高魚塭堤岸之好處，進而達到保障人民生計及生命財產安全與保育大台南優質水環境之雙贏局面。