「海棠」颱風肆虐南臺灣，臺南市三爺溪自古為鯽魚潭，地勢低窪，兩側歸仁與東區地勢高，下游受迴水影響，且上游段幹線排水路通水斷面不足，導致地勢低窪地區每逢暴雨時期，即會因出口處之外水位暴漲而出現外水倒灌、內水無法排除，因而造成局部地區淹水之情況，為全國最容易淹水區域之一，尤其區域內仁德地區人口密集，並且有ㄧ甲、仁德等重要工業區，每次淹水都造成民眾與廠商巨大損失。本次颱風，帶來豐沛雨量，一日暴雨達372mm/日，大於目前應急工程所能達到250mm/日防護標準，造成局部地區淹水。
三爺溪排水幹線全長約13km，集水面積約63 km^2，是二仁溪河口段之主要支流，由於集水區範圍都市化程度高，加以區域排水路坡降平緩及受限兩岸土地開發，通水斷面不足，因此；每遇颱風豪雨，排水宣洩困難而發生淹水災害之情事。以101年為例，臺南市仁德區總計淹水高達9次，0520豪雨造成仁德、永康及大灣地區水患，部分地區淹水深度逾1公尺，對於當地經濟及人民生命財產造成嚴重損失，顯示三爺溪防洪程度之不足。
為解決水患問題，臺南市政府水利局上緊發條，陸續於101~102年先行針對人口密集與工業區三爺溪主支流採「應急方式」整治，包括三爺溪萬代橋上下游、一甲土庫排水等進行應急加高工程，102~104年再針對局部地勢較低窪地區配置堤後排水工程，包括應急抽水站、壓力箱涵分流、應急抽水點設置，近2年再針對主流局部渠段進行浚深、拓寬、臨時加高(鋼版、太空包、石籠)。即三爺溪現況採分段應急治理方式整治，治水工程範圍其涵蓋三爺溪鯽潭橋至五空段及三爺溪左岸各支流諸如大灣排水、太子廟中排、一甲土庫排水、仁德排水、上崙後壁厝排水、大甲排水等支流和堤後排水路、應急抽水站等 ，總計投入整治經費逾27餘億元，中央政府補助19.79億元，本府自籌經費約7.85億元。在中央政府支持與市府團隊努力整治下，三爺溪主流之保護標準已從101年之全線未達2年重現期，提高至目前約達10年重現期之大幅進步。為中央與地方合作整治水患，樹立良好典範。工程包括主、支流整治，滯洪池1座、抽水站6座，完成之應急工程，已經陸續發揮成效，淹水面積已經大幅減少，由101年5月20日暴雨的1576公頃，淹水範圍縮減到106年的347公頃（一日降雨比101.05.20更大），積淹時間也因抽水機組設置而大幅所短，顯示這幾年來各項整治及應急工程已有初步整治成效，外水溢淹情形獲得改善，但因整體治理工程尚未完成，尤其是內水整治，仍有347公頃淹水區域，保護標準僅達應急之一日暴雨250mm/日，且部分在人口密集區及交通要道，需要進一步進行整治。
目前持續進行中的相關整治工程，水利署已經補助萬代橋至鯽潭橋三爺溪拓寬浚深工程，共分6標，前三標由水利署第六河川局辦理，已經完工，後三標由台南市政府協助辦理，經費約3.3億，已經施工中，完成後將有效增加三爺溪主流通洪能力，可將主河道保護標準提升到一日暴雨320mm/日，也是中央與地方合作非常好的範例。
但是持續解決淹水問題，向來是市府團隊努力不懈的目標，經過「海棠」颱風肆虐淹水的震撼教育，市府更期待鄉親能實際瞭解及支持市府團隊的治水工作，有寶貴意見也很歡迎反應給相關崗位的工作者，凝聚共識推展後續治水工作，達到降低淹水災害風險及損失，創造安居樂業臺南市的最高目標。後續整治部分，除已經發包或正在設計中之工程，臺南市政府與水利署也規劃短、中、長期方案，來持續推動三爺溪主流整治，包括拓寬與浚深(大灣排水、太子廟中排)、瓶頸段持續改善(萬代橋、仁德一號橋改建)、高低地分流、滯洪池設置與分洪設施，以期徹底改善三爺溪水患問題。初步研擬短期方案經費約1.08億元，中期方案約4.37億元，長期方案約6億元。