鹽水排水流經新營及鹽水區匯入岸內排水(總長為9.5公里)，主要收集新營都市內排水，為水利局治水重點之一。現況從國道以西至明達橋尚有3公里為土堤且為私有土地，其中瓶頸段約有1.5公里。水利局自籌經費約4600萬元辦理排水整治，以國道、菜寮橋為起點，101年至今陸續施作護岸874公尺，將原有土堤改建RC護岸，擴寬排水寬度，有效改善防汛缺口及增加通洪斷面，以保護本市新營區及鹽水區民眾之生命財產安全，降低地區淹水之風險。
因涉及私有土地，感謝議員、里長及地方民眾協助取得土地同意書，促使水利局持續推動治水工程。其中「鹽水排水菜寮橋至鹽水南排匯流口護岸應急工程」除擴寬河道外，同時避免鹽水南排直衝鹽水市區。本局正積極趕工，預計可於汛期前完成，水利局在此特別感謝民眾配合，以達鹽水排水治水之目標。