為使臺南市仁德區逐步擺脫淹水之苦，臺南市政府水利局刻正積極辦理三爺溪排水主、支流之工程規劃設計及整治工作，並亟力爭取中央各項經費補助。本次康芮颱風侵台期間，於應急工程完成區段並無任何溢堤及淹水情事，顯示整治已有初步成效，水利局也將戮力完成其餘支流應急工程及堤後引水及抽水站工程，以早日脫離淹水之夢靨。
水利局表示，三爺溪易受二仁溪水位頂托，導致雨水無法順利排出；且因幹線水位高漲，兩岸支線排水不易、堤岸高度普遍不足及局部地勢低窪致使外水倒灌，皆為洪災發生主因。以98年莫拉克颱風及去（101）年0520豪雨為例，最大淹水深度約30～100公分，對仁德及大灣地區造成極大的經濟損失。今年動工之三爺溪支流應急工程，工程範圍涵蓋大灣排水、太子廟中排、一甲土庫排水、仁德排水及大甲排水等支流，總計加高長度逾15公里，可有效減輕三爺溪支流護岸高度不足而衍生之水患問題。
為改善仁德及大灣地區淹水情況，三爺溪及大灣排水系統採排水路改善、多功能滯洪池與低窪地區抽排等方案進行整治。目前三爺溪排水主流萬代橋至五空橋區段護岸加高工程及仁德滯洪池已完成整治，今年康芮颱風侵台期間已充分發揮整治成果，於仁德滯洪池以南並無發生重大淹水情事；此外，為解決低地排水問題，市府除核列4億元經費辦理三爺溪支流加高工程外，另已籌得2.8億元經費規劃增設堤後引水路及應急抽水站，以順利排除地表逕流並提升防洪成效。
水利局更進一步說明，三爺溪整體治理之關鍵在於三爺溪萬代橋瓶頸段之改善，市府已邀集高速公路局、水利署針對工程界面研議三爺溪排水萬代橋瓶頸段之改善策略，並已向中央爭取經費8600萬元辦理疏濬工程；此外，水利局亦已著手規劃多項分洪工程，分流萬代橋以上過多之流量，讓三爺溪整體防洪標準更往上提升。
水利局最後強調，配合仁德滯洪池之完工，將早日完成各支流應急加高工程，以紓解永康大灣及仁德地區水患；並配合後續建立水質淨化廠之計畫，落實「親水大台南」計畫，向不淹水、乾淨水及親近水之目標邁進，打造永續發展的流域環境。