我國污水下水道建設績效指標採用「用戶接管普及率」與「整體污水處理率」等二指標，其中「污水處理率」係指「公共污水下水道普及率(用戶接管普及率)」、「專用污水下水道普及率」及「建築物污水處理設施設置率」三者合計，「公共污水下水道」係指已完成供公共使用之污水下水道；「專用污水下水道」係指新開發社區(可容納500人以上居住或總計興建100戶以上之社區)需設置而尚未納入公共下水道之下水道；「建築物污水處理設施」係指在公共污水下水道建設尚未到達區域，住戶所設置之污水處理設施。
依據內政部營建署自民國92年沿用迄今，污水下水道建設績效指標計算方式為「實際服務戶數÷全國總戶數」，並採「每戶4人」推算全國總戶數（全國總戶數=全國總人口數÷4），惟近年少子化等環境變遷影響造成每戶人口數銳減，查內政部戶政司資料顯示全國戶量（每戶平均人口數）約為2.8人，以每戶4人推算全國總戶數已不符實際且造成計算結果失真，如新北市污水處理率及臺北市用戶接管普及率依此計算早已高過100%，計算方式實有檢討修正之必要。
內政部營建署自第五期建設計畫104年度起修正績效指標計算方式，爰計算方式修正為「實際服務人口數÷全國總人口數」，並以內政部戶政司公布之戶量推算實際服務人口數（實際服務人口數=實際服務戶數×戶量），且全國部分以全國戶量計算，縣市部分以該縣市戶量計算，採每月計算。至104年5月底，臺南市總人口數為1,885,240人、總戶數為669,850戶，公共污水下水道接管戶數為104,140戶，內政部戶政司公布之戶量為2.81人/戶，本市公共污水下水道普及率原為22.10％，新計算方式下修為15.52％；污水處理總戶數為223,233戶，本市污水處理率原為47.36％，新計算方式下修為33.27％。另依內政部營建署統計資料公布至104年4月底，台北市、高雄市及全國之公共污水下水道普及率分別原為100％、54.45％及38.90％，新計算方式分別下修為75.33％、35.39％及27.13％。
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內政部營建署目前以民國104至105年作為新舊指標交替之緩衝期，另考量「整體污水處理率」對於「環境品質提升」具有指標性意義，內政部營建署未來將改採「整體污水處理率」為國內外公告之主要績效指標，以利與國際評估污水處理程度基準統一，期間以對照方式呈現修正前後之目標值，俾利各界適應。
水利局指出，一般北部縣市、台中市及高雄市等都會區之「專用污水下水道普及率」普遍較高，因其住宅之型態以公寓與大廈類型為主。而「建築物污水處理設施設置率」係與縣市核發之建照相關，故房地產景氣為影響「建築物污水處理設施設置率」最重要之因素。台南市多以透天厝為主要建築型態，故在專用污水下水道比例相對較少，此外當建商推出大型建案，於取得使用執照，即計入污水處理率，此部份台南大型建案較少，中小型較多，亦相對吃虧。
水利局表示，為加速提升用戶接管普及率及污水處理率，縣市合併後除了加速辦理已在建設中之安平污水系統（安平區、中西區、鐵路以西之北區及竹溪以北之南區）、柳營系統東新營分區（新營區興安里全部及部分之南興里、興業里、永生里、延平里及好平里等六里）、仁德、永康及安南區鹽水BOT等污水下水道系統，本市另加速推動官田第二期及柳營(東新營分區)第二期（增加範圍為新營區民權里、大宏里、中營里、王公里、新東里及忠政里等六里）等污水下水道系統之開辦且積極檢討區域間污水系統之整併方案。