臺南地區為全國最易淹水之地區，所以治水工程為本市優先施政工作，由於治水工程整治經費龐大；在經費不足之情形下，本府於去年度及今(102)年度編列16億治水經費，優先選定淹水情形較嚴重且亟需改善之排水路進行應急整治工程。
本次受潭美颱風外圍環流影響，102年8月21日自晚間起在24小時內臺南市鹽水區降下230.5mm降雨量、柳營區降下190.5mm降雨量及仁德區降下125.5mm降雨量，造成鹽水區岸內排水、柳營區龜子港排水及仁德區三爺溪排水水位高漲，在岸內排水(歡門橋段) 、龜子港排水(火燒珠橋段) 及三爺溪排水(萬代橋下游段)最高水位距離防洪牆堤頂高均尚有2.0公尺，可證明本府辦理應急整治工程效果顯著，能有效地束洪以避免洪水溢堤氾濫，保護堤後之民眾生命財產安全，讓民眾免於遭受水患之苦。
另有關菁寮排水部分，主要受八掌溪水位高漲，導致短期內排水壅高迴水，造成內水無法順利排出，相對低窪區域無法重力排水，且排水路堤岸高度不足，容易溢堤之水路多尚未施設堤岸防護，易形成大面積淹水；菁寮排水全長約10公里，若要整體徹底治理所需經費約10億元，本府擬利用農田水利會圳路及產業道路加高，以減少淹水範圍，目前相關改善方案研擬中，俟改善方案確定後，再辦理地方說明會向地方民眾說明，以爭取地方支持。
本府將持續編列治水經費，明(103)年度編列每區6,000萬，共計4區2億4,000萬，辦理堤後水門設置及低漥地區抽排等措施，以補強應急整治工程不足部分；未來應急整治工程完成後，配合移動式抽水機組之架設，更能有效提升工程效益。本府將逐步建置臺南市之完整防洪體系，以解決淹水問題並強化經濟發展基礎。