山上排水流經山上區與善化區，流路長約6.025 公里，集水面積13.09 平方公里，下游於曾文溪84~85處排入曾文溪；平均坡降約1/500，上游由大潭橋沿途流經北勢洲地區與茄拔農場，現況中上游段多為混凝土護岸，下游段嘉東橋以下大多為土渠。
山上排水因多數渠段仍未施設護岸且排水路寬窄不一，渠段多有橋樑樑底過低或橋墩阻水的情況易造成雜物淤積及排水系統無法有效宣洩。茲因水患嚴重，故列入重點改善指標。
針對山上排水中上游保全對象進行堤防加高並將兩座橋梁改建且堤防加高段排水路出口增設舌閥，總計約1,700萬元，本局業已於103年1月完成施作。
為有效改善淹水問題且針對山上排水長期受曾文溪外水位影響，經濟部水利署乃提出系統性治理縣(市)管河川及區域排水之構想，目前由經濟部水利署第六河川局辦理山上排水出口段閘門新建工程，工程經費總計8,000萬元，改善內容主要為山上排水出口段增設出口閘門共8門(寬3公尺×3公尺高)，本工程預定於今年度4月完工，以期完工後可改善周邊保全對象之淹水問題。