近年來由於全球氣候異常，水文極端現象明顯，受災範圍與程度均遠較過去為劇烈，本市下營區一帶，往年即常因瞬間暴雨或持續豪大雨，造成住宅、農田損害，影響人民生命財產安全。經分析檢討淹水主要原因為排水護岸高度不足及麻豆排水水位過高造成下營地區排水內水排出不易，經綜合治水規劃後提出以排水路改善及新建箱涵閘門為治理規劃主軸及解決對策。
麻豆排水系統位於將軍溪排水系統中、上游區域，行政區域隸屬佳里區、學甲區、麻豆區及下營區，係屬區域排水。排水主幹線長度約11.8公里，集水面積約108平方公里，地勢略呈東西走向，地面高程為海拔2～6公尺，地勢極為平緩。主要分線包含營後排水、海埔排水、蔥子寮排水、養魚排水、大埤中排二、大屯排水、埤頭排水、總爺排水、東北勢排水、大埤中排一及下營排水，主幹線於佳里區溪洲橋下游匯入將軍溪排水。
為有效減低下營市區及仁里里一帶之淹水風險，本府依據台南縣管區域排水將軍溪排水系統規劃報告成果，辦理「大埤中排二應急抽水工程」、「大屯排水應急工程」及「下營排水應急抽水工程」等工程，以確保各排水內水能有效排出，進而保護民眾之生命財產安全。
有關本府辦理「大埤中排二應急抽水工程」，自103年1月開工，於103年4月申報完工，工程總經費約1,029萬元整，施工內容主要為(1)箱涵1座(含自動水門12門)、(2)L型防洪牆長度約1,100公尺，可有效地防止麻豆排水外水倒灌，並搭配移動式抽水機組將內水順利排出。
關於「大屯排水應急工程」，已於102年11月開工，預計於103年5月底完工，工程總經費約2,197萬元，施工內容為(1)新設護岸長度約189公尺、(2)護岸加高長度約1,288公尺、(3)箱涵5處及(4)自動閘門36門，確保大屯排水沿線護岸高程足夠，以保護周邊聚落，避免民眾生命財產損失。
為降低下營排水發生水患之機率與損失，本局規劃於下營排水施設箱涵閘門工程，該工程地點位於下營排水、大埤中排一及急水溪分線排水匯流處，總工程費約2,925萬，施工內容包含(1)箱涵3座(含自動水門20門)、(2)護岸加高長度約256公尺及(3)懸臂式護岸長度約52公尺，該工程已於102年12月開工，預計於103年7月底完工，完成後約可有效改善下營市區及仁里里淹水面積約64.80公頃。
未來應急工程完成後，配合移動式抽水機組之架設，更能有效提升工程效益。本市將逐步建置下營排水完整之防洪體制，改善淹水問題並強化經濟發展基礎。