市府為有效解決改善學甲區光華里新頭港及舊頭港社區之淹水問題，於 103年度即編列治水預算新臺幣 800萬元辦理「學甲區新頭港部落圍堤工程」及 356萬元辦理「學甲區舊頭港部落圍堤工程」，經積極趕辦結果業已完成護岸、防洪牆整建及抽水機組設置之防洪工作，預計可達到 50年重現期距之防洪功效，日後於颱風及豪大雨期間可明顯降低淹水風險，保障市民財產安全。
新頭港社區及舊頭港社區係位於頭港排水系統-永隆溝排水集水區範圍，其中新頭港社區西側緊鄰支流西埔小排二，東側臨南 1線道，而舊頭港社區位於新頭港社區之西側，該社區南鄰 171線，東側臨南 1-1線側，兩社區主要聯絡道路為南 1-1線。基於永隆溝排水系統沿岸地區之地勢高程明顯相對低窪，爰每逢豪大雨期間，即因匯集鄰近地區逕流量，及受外水高漲及感潮影響無法順利採重力排方式宣洩降雨逕流，導致學甲區光華里新頭港社區、舊頭港社區與南 1線道路以及北門區玉港里西埔內社區與灰瑤港社區易造成嚴重積淹水情形發生，以近幾年來颱風及豪大雨發生之積淹水事件，即有 101年泰利颱風、 102年蘇力颱風及 102年康芮颱風等，尤以康芮颱風最為嚴重。
為利有效改善頭港排水支流永隆溝排水之防洪問題，經研擬整治對策結果，位於北門區轄內主流段之護岸皆已符合治理計畫高程，然基於集水區內之人口密集社區地勢明顯相對較低，雖於各社區轄內佈設移動式抽水機組執行抽排工作，仍無法徹底解決社區積淹水問題；市府為有效改善社區內水宣洩困難以及支流護岸防洪高程不足等問題，即積極籌編經費辦理永隆溝排水系統之治水防洪工作。經縣市合併迄今，業已投入 2,741萬元辦理「北門區永隆溝排水抽水平台應急工程」及 1,576萬元辦理「永隆溝排水系統主流及支流護岸改善及災修工程」。另涉及人口密集之社區即採部落防護工法辦理改善，亟需緊急辦理改善之部落分別有學甲區新頭港社區與舊頭港社區，以及北門區西埔內社區與灰瑤港社區，其中針對新頭港及舊頭港社區市府水利局於 103年度即編列治水預算新臺幣 800萬元辦理「學甲區新頭港部落圍堤工程」及 356萬元辦理「學甲區舊頭港部落圍堤工程」，且皆已順利完成護岸、防洪牆整建及抽水機組設置之防洪工作，預期可達到 50年重現期距之防洪功效，其中以本(104)年度 5月 24日至 25日豪大雨期間，即有發揮抽水及防洪成效，並無造成淹水情形發生。
針對永隆溝排水系統之治水防洪工作，市府於縣市合併迄今也已籌編新臺幣 5,473萬元治水預算辦理改善，另市府水利局為再解決改善北門區西埔內社區之防洪問題，經積極向中央水利署爭取流域綜合治理計畫，中央單位業於 104年度核列「西埔內部落防護工程」新臺幣 4,991萬元，另涉及南 1線道路積水改善，本府工務局亦將逐年編列經費辦理南 1線加高工程，目前業已完成約計 800M長度。俟完成所核列之防洪工程後，可明顯有效降低北門區及學甲區社區淹水風險，保障市民財產安全。
另經統計將軍溪北之頭港排水系統及將軍溪排水系統治水經費，自縣市合併迄今業已投入合計約 5億 1,669萬元，後續市府將積極持續辦理治水防洪工作，以降低本市淹水風險及有效推動市政發展。