新化區主要區域排水系統分別為虎頭溪排水及衛生1號排水，其保護基準為「10年重現期、25年不溢堤」，河道內及周邊土地甚多私有地，增加整治之困難度，惟歷年來本府亦積極向中央爭取經費分年分期辦理用地徵收及整治，約計6.2億（詳圖一.虎頭溪相關水系工程配置圖），分別為已執行完成之「易淹水地區水患治理計畫」工程約1.5億，「流域綜合治理計畫」第1期核定工程約1.7億與第2期核定工程約1.8億及本府自籌款工程等，可改善下甲橋上游、大目橋上下游、穗芳橋至帝溪橋、帝溪橋至知義橋、新和庄新豐1號橋上下游等區段防洪能力。另衛生1號排水上游目前施工中之外環道截流方案，經費約1.2億，可截流面積約132公頃，約占新化平地面積(約574公頃)之23%，可有效降低衛生1號排水淹水風險。
虎頭溪排水主幹線(至虎頭埤) 為市管區域排水，長度約10.60公里，集水區面積約51.6平方公里，支線包括烏鬼厝溪排水、啟聰溝排水、五甲勢溪排水、崩溝溪排水等。現有虎頭溪下游地勢低窪平緩及局部區域較低窪，排水尚未整治改善完成，中、下游排水路斷面或堤岸高度不足等因素，於歷年曾多次颱風豪雨造成新化區內淹水災害，最近1次即為103年康芮颱風所造成之洪災。
虎頭溪河道內及周邊土地甚多為私人有所，增加整治之困難度，雖然如此，歷年來本府亦積極向中央爭取經費分年分期辦理用地徵收及整治，如穗芳橋上游、帝溪橋上下游、新和庄新豐1號橋、大目橋上下游、離子尾橋上下游及啟聰溝整治等，另亦辦理部分河道瓶頸段疏濬等工程。
為降低淹水情勢及爭取成效，本府積極續行辦理虎頭溪排水整治工程，於用地無虞之公有地河段先行辦理應急工程，如已完工之「新化區虎頭溪排水(下甲橋下游段及大目橋上游段)護岸應急工程」及發包中之「新化區虎頭溪3K+200至3K+080段左岸護岸應急工程」；為全面性整治改善，於「流域綜合治理計畫」向水利署提報多件爭取經費，如第一期已發包中之「新化區虎頭溪(3K+200~4K+048) 大目橋上下游護岸改善工程」及施工中之「新化區虎頭溪排水(5K+133~5K+383) 帝溪橋上游護岸改善工程」，第二期已核定辦理用地徵收中之「新化區虎頭溪(2K+182~3K+200)改善工程一、二工區」等改善工程。
本府將持續努力，積極向中央爭取更多經費及編列預算整治，期許能降低虎頭溪排水淹水風險，並提昇防洪功能，提高人民生活品質，促進民眾對政府施政之信心，同時創造鄰近土地增值等效應。