102年8月康芮颱風來襲，新營地區降下的時雨量最大112毫米，3小時超過200毫米，均已打破200 年頻率，造成市區長榮路、中正路、民權路等多處淹水。為解決新營地區水患，市府水利局著手檢討雨水下水道系統，同時檢視下游區域排水容納市區排水之通洪能力，期望能打開瓶頸，提能地區的排水功能，以保障市民生命財產安全。
一般市區規劃的雨水下水道系統係將降雨經由道路側溝收集後排入雨水下水道箱涵，再導入區域排水，奔流入海。以新營市區而言，有三分之二市區的降雨，經由雨水下水道系統收集，透過箱涵的聯通，往西流入鹽水排水、鹽水南排及新營中排等區域排水，流經鹽水區，匯入岸內排水，最終流入急水溪。另外市區南側及台一線省道以東(東山工業區附近)的降雨則經由雨水下水道收集後，分別由南興抽水站及興隆寺抽水站直接抽排至急水溪。
民國58年由前台灣省公共工程局完成的「新營鎮雨水下水道系統規劃報告」迄今已超過45年，依當初規劃設計的標準，新營市區的雨水下水道系統的最大承受量為每小時64毫米，歷經康芮颱風的洗禮，顯已無法滿足近年常發生的短延時強降雨的排洪需求，亟需重新檢討。市府水利局已爭取獲得內政部營建署補助辦理「臺南市新營區雨水下水道系統檢討規劃」（經費約1590萬元），將於104至105年通盤檢討新營雨水下水道系統，透過檢討集水區域劃分及增設排水幹線等手段，希望向台北市及高雄市等每小時近80毫米的設計標準看齊。
解決市區排水的另一個重要關鍵是下游區域排水的通洪能力是否能夠容納雨水下水道導入的市區排水，以新營地區而言，鹽水南排、新營中排早在80年代治理完成，歷次颱風豪雨亦發揮良好的排水功能，然這兩條區排短暫蜿蜒後亦匯入鹽水排水，可見鹽水排水是新營地區排水是否通暢的最大關鍵。目前鹽水排水尚未全線治理，其中，穿越國道一號後其下游及菜寮橋上下游等為瓶頸段，目前大多為土岸，除造成當地淹水外，也造成市區排水無法順利排入，致水患頻傳。
為拓寬鹽水排水瓶頸段，解決水患問題，市府水利局從101年迄今已投入超過5500萬元經費，拓寬鹽水排水斷面，完成了菜寮橋上下游護岸改建等工程，累計已施作RC護岸1025公尺；另外現有老舊橋梁的梁底高程過低，阻礙水流，也降低了區域排水的通洪能力，水利局同時也投入3600萬元辦理鹽水區岸內排水(鹽水排水下游) 3座無名橋改建，打開排水瓶頸。
此外，水利局對於精進既有抽水站管理操作，已降低南興抽水站新站入水口高度至9.5M，使其入水高程與舊站相同，藉由增加入水口斷面，搭配調降新站及舊站起抽水位能更有彈性地操作抽水機組，提高防汛能力，增加市區排水能力。
經由近兩年的努力，新營地區經歷今(104)年0524豪雨和0621午後雷陣雨（最大時雨量60毫米）等挑戰，各項排水設施功能均有效發揮，顯見治水已初見成效。
後續可望於今年7月底完成發包，持續辦理鹽水排水國道下游段護岸改善工程（1100萬元，長度300公尺）、新營太子宮中排護岸改善工程（經費1500萬元，長度200公尺），持續打通排水瓶頸並改善市區及聚落防洪能力。
市府水利局透過新營雨水下水道系統檢討的機會，提升市區防洪標準，再配合中央流域綜合治理計畫爭取經費，辦理區域排水整治，打通瓶頸，雙管齊下，降低新營地區淹水風險。