本市大埤中排二排水集水區內之麻豆市區一帶，於颱洪暴雨時，麻豆排水與養魚排水水位高漲，造成大埤中排二排水短期內無法將水排出，部分地區因地勢較低常有淹水情事，造成人民生命財產損失，鑑於近年來降雨強度高且延時短，水患威脅如影隨形。
為降低大埤中排二排水發生水患之機率與損失，並依據台南縣管區域排水將軍溪排水系統規劃報告成果，於匯流處施設閘門確有施設之必要。本局規劃將大埤中排二排水應施設閘門工程，該工程用地位於大埤中排二與養魚排水匯流處，以不淹水之目標。總工程費約1,029萬，目前已進入上網發包階段，預計於102年底開工，工期約為120天，完成後約可有效改善淹水面積約25.45公頃。
閘門工程完工後，更能有效提升大埤中排二應急抽水工程整體效益。本市將逐步建置大埤中排二排水完備之防洪體制，減緩淹水問題並穩定經濟發展基礎。