臺南市政府積極投入二仁溪水質改善工作，並向行政院環保署爭取2億9仟萬元的經費，分別在二仁溪大甲段高灘地、三爺溪、仁德排水及保安排水等地區進行1處濕地規劃設計及3處水質淨化場工程設置，可望有效淨化水質，改善環境品質。
水利局表示，在河川整治已有初步成效之下，進一步營造棲地讓其具有生物多樣性是接下來的目標。水利局積極向環保署爭取544萬元補助經費進行「臺南市二仁溪大甲濕地規劃設計計畫」，除計畫於二仁溪右岸大甲堤防段高灘地約30公頃規劃具水質淨化功能之自然濕地外，並結合台灣濕地保護聯盟認養計畫，有效操作維護，營造一優良生態環境。
水利局二仁溪右岸堤防7號水門外高灘地，已委由社團法人台灣濕地保護聯盟認養，初期已營造部分區域，由志工及當地居民共同參與，已有初步成效，象徵二仁溪生態復育正式啟動。
此外，為使濕地生態營造達到最佳規劃，水利局與經濟部水利署第六河川局研議調整大甲堤防段高灘地內側護坡為兩階段式坡降，利用內側階梯式護坡及河水漲退潮創造潮間帶生態，不但可擴大濕地面積，更可營造大甲濕地之生物多樣性。
除了二仁溪大甲濕地外，未來水利局並計畫就二仁溪沿岸其他具有濕地復育潛力的區域，向中央爭取更多經費復育自然生態，營造生物多樣性，以自然工法一步一步重現二仁溪乾淨原貌。