改善環境衛生及河川污染的不二法門為積極推動污水下水道系統建設。縣市合併後，截至105年1月，本市用戶接管戶數累計已突破11萬戶且普及率已提升至16.2％，改善居住環境品質效益日漸顯著。水利局為提升管線維護及民眾申請納管之服務品質，原以往每年投入約1,000萬元辦理緊急維護及用戶接管之開口契約，今年將增加投入為5,200萬元。
水利局表示，本市目前已佈設污水管線及陸續完成用戶接管區域範圍包括安平系統（安平區、中西區、鐵路以西之北區及竹溪以北之南區）、東區之虎尾寮、柳營系統(柳營都市計畫區、太康村、新營區興安里全部及部分之南興里、興業里、永生里、延平里及好平里等六里）及官田系統(官田都市計畫區及二鎮)。為再提升服務品質，本局預計於今年度投入經費約新台幣4,000萬元辦理用戶接管工程開口契約，針對上述區域各項新建、增建及改建或既有房屋住戶申請下水道用戶排水設備之接管及延管及後巷經住戶自行排除障礙，其寬度達80公分者，受理污水管網到達區域之民眾申請接入本市公共污水下水道系統（請參閱「臺南市政府水利局用戶申請接入污水下水道系統作業須知」，本局網址http://www.tainan.gov.tw/wrb/、法令規章/相關法規），以加速提升用戶接管普及率並改善居家環境衛生，提供更多市民享有優良的居住環境。
水利局說明，考量本市每日超過10萬用戶污水排入公共污水下水道系統，倘排入管線系統之污水含高油脂，則極易造成管線阻塞，致其上游用戶之生活污水亦無法順利排放，甚至有污水逆流之情形，影響市民生活品質及環境衛生甚鉅。故為提升維護污水管線服務品質，本局除設立24小時服務專線(06)298-0263，以解決民眾陳情污水管線堵塞情形，並於今年度投入經費約新台幣1,200萬元辦理維護搶修工程開口契約，除因自家內部管線造成阻塞狀況，需請住戶自行清理維護外，針對私有地外，公私分界點外之公共污水管渠(污水連接管)採即報即清之方式辦理清疏作業，以快速改善污水管線阻塞及相關維護管理問題，提高服務品質。此外，為強化污水下水道系統維護管理，將優先選擇污水下水道管線建設10年以上之區域，以TV檢視車辦理攝影及檢視管內情況，並視檢視結果進行管線修復，以達成事前預防道路下陷及避免管線阻塞之目的，藉由透過分級維護及管線更新，以建立完整之維護管理機制，強化污水下水道管渠壽命。
水利局呼籲，現階段鼓勵期間民眾不需負擔接管相關費用，而於鼓勵期限後，已接管之通水區將依法公告為納管區域，屆時未配合接管用戶必須自行接管，否則將依下水道法相關規定辦理，故水利局鼓勵上述公共污水下水道管網到達地區而尚未納管之用戶可主動排除後巷障礙達淨寬度80公分後，向本局申請污水納接下水道系統。另再次宣導營業場所需加裝油脂截留器，針對油脂堆積造成堵塞頻率高之用戶，倘未依規定及期限內裝設，本局將會同環保及衛生單位進行抽查並得依下水道法相關規定限期改善，以達到使用者自行維護管理之目標，共同維持公共污水下水道暢通。污水下水道系統建設成果，除使市民擁有優良之居住環境，更保護我們的生態環境、美化家園，提升本市的競爭力及生活品質。