本市為了減輕低窪地區，因各區域尚有多處水閘門年久失修、破損變形，導致每逢豪雨溪水暴漲即會倒灌入低窪地區造成淹水問題。陸續於本市鹽水區、北門區、七股區、學甲區、安南區、安平區及北區等地區既有水閘門更新修繕。水利局去年(102)編列2,340萬元經費，共計修繕96門水閘門，強化各地區的防洪設施及功能。各項工程已於今(103)年6月陸續完工。
本市水閘門更新部份：因既有水閘門多屬於簡易型水閘門無橡膠水封及門框，年久失修導致門板變形及箱涵破損，本局將既有水閘門拆卸至工廠整修，進行門板整平、加裝肋板加固、裝設P型橡膠水封及門扇油漆，於現場箱涵植筋加裝門框、模板組立後澆置混凝土，將修整好之門扇裝回即完成水閘門修繕作業。本局修繕主要為鹽水區岸內排水及田寮排水等共計85扇水閘門，將有效阻絕外水倒灌至各低漥地區，大幅降低淹水情形。
本市水閘門新增部份：因中西區鄰近C3抽水站及北區北安抽水站此2處箱涵屬重要排水幹線，於既有水閘門外再加裝一道自動水閘門阻隔外水，以達到雙層防護雙層保障之目的，共計新建2座8門自動水閘門
目前新設及修繕閘門均已完工，於颱風、豪雨期間操作與維護工作，相信可有效降低淹水情形，提升民眾居住安全。