近年來由於全球氣候異常，水文極端現象明顯，受災範圍與程度均遠較過去為劇烈，本市麻豆區埤頭排水因地勢低窪，易受麻豆排水回水及感潮段影響，內水不易排出，每逢重大颱風豪雨來襲時，造成埤頭里及小埤里地區住戶、農田災損，影響人民生命財產安全。
埤頭排水為麻豆排水重要支流之一，為有效減緩埤頭排水鄰近村落西平寮、廟後、埤頭及小埤等淹水情事，本府前已向經濟部爭取「易淹水地區水患治理計畫」經費辦理「埤頭排水治理工程」及「埤頭排水中上游段治理工程」，由經濟部水利署第六河川局主辦工程發包，本府水利局辦理工程用地取得，相關工程已於103年2月陸續竣工，主要為埤頭排水下游段段新建護岸、防汛道路及自動閘門等，總長度約1000公尺，工程總經費約為1.3億元整，用地部份，水利局業於102年12月完成工程用地之協議價購或徵收作業，俾利治理工程順利進行。另由本府水利局辦理埤頭排水應急工程，自無名橋至五號橋依序分標辦理應急工程，預定於103年11月全數完工，主要為設置防洪牆、流入工及自動閘門等，總工程經費約為新臺幣1.55億元。埤頭排水應急整治工程之完成於今年0812豪雨已發揮治水成效，埤頭排水不受麻豆排水水位高漲造成倒灌淹水外，配合堤後抽水設施更加速內水迅速排出，使埤頭里及小埤里地區民眾避免遭受淹水災損，達到防洪減災功能。
為加速推動流域整體治理，中央已通過「流域綜合治理計畫（103年至108年）」，埤頭排水亦列入計畫辦理治理工程，延續已完成之埤頭排水治理工程及埤頭排水應急工程，本局賡續辦理埤頭排水治理工程（無名橋至五號橋，總長度約2700公尺，總工程經費約1.64億元），預計103年底工程發包；針對市區雨水下水道-埤頭排水系統，同時一併列入本案評估檢討對策，以期埤頭排水系統整體治理完成，使埤頭里、小埤里及麻豆市區防洪保護措施更加周全完善。
面對未來日漸極端的降雨趨勢，本府日後仍將針對將軍溪排水系統積極爭取經費辦理治水工程，使麻豆地區之淹水風險減至最低，民眾早日脫離淹水之苦並營造自然安全的水環境，達到治水、利水、保水、親水、活水之最高目標。