為改善港尾溝溪週遭地區淹水情事，水利局已陸續爭取中央補助及自籌財源辦理港尾溝溪整治工作，以加速改善低漥地區淹水問題。目前大致已完成疏洪道下游整治及改善工程，後續將持續辦理港尾溝溪上游段（5K+300~7K+500）整治。
水利局表示，港尾溝溪尚未整治前，易受二仁溪洪水倒灌影響；加上河道寬度不足及淤積情形嚴重，內水難以宣洩，保安地區早期經常受到水患侵襲，嚴重影響工業區產能。為改善當地淹水情事，水利局陸續爭取「易淹水地區水患治理計畫」及「流域綜合治理計畫」辦理河道整治、中游疏洪道、出口閘門及滯洪池建置，總計已爭取經費約22.6億元，改善後已大幅降低保安地區淹水機率。
水利局進一步說明，目前疏洪道上游堤岸高度及河道寬度仍不足，且部分護岸老舊，更有部分護岸為土坡型態，洪水侵襲時恐有損壞疑慮。為加速港尾溝溪上游段整治，本局已爭取「流域綜合治理計畫」，持續辦理港尾溝溪排水上游段（5K+300~7K+500）護岸整治工作，經費約4.7億元。目前5K+300~6K+917段工程刻正進行整治中，河道寬度預計拓寬至25公尺，護岸高程達10.5公尺以上，預計107年3月底完工；6K+917~7K+500段目前亦正辦理用地徵收作業，完成後可降低港尾溝溪流域淹水機率，確保流域提昇至「10年洪水頻率，25年不溢堤」的防洪標準。