市府為有效改善北門區頭港排水系統之防洪安全，經與中央單位於縣市合併迄今聯手執行治水改善結果，累計將籌編治水經費合計2億8,698萬元於頭港排水下游段辦理新建閘門、抽水站及護岸改善等工程，以有效提升北門區蚵寮、北門及永隆社區之整體防洪效益。
頭港排水系統位於北門區及學甲區，規劃主、支幹線長度約54.24 km，集水面積約29.79 km2，經鯤江溝排水及頭港排水分別匯入急水溪及北門潟湖。基於北門區沿海地區主要淹水原因為頭港排水系統中、下游地區地勢較為平緩，出海口易受海潮影響，重力排水極為不易，且排水效率不佳，爰每遇颱風豪雨期間，即常造成社區積淹水災情發生。鑑此，市府為改善北門社區淹水問題即依據98年9月核定區域排水頭港排水系統規劃報告之防洪整治方案，積極向水利署爭取護岸整治及鯤江溝閘門新建經費，且亦自籌經費辦理部落防護、護岸改善、新闢抽水站等工程，俾利提升周邊社區抽排功效及防洪安全。
為利有效改善頭港排水之防洪問題，經市府與水利署聯手研擬整治對策及改善成果，於北門區轄內之頭港排水主流段皆已完成護岸防洪高度，然考量因鄰近下游段之社區整體地勢較低，無法採重力排方式宣洩降雨逕流，雖北門蚵寮社區已完成蚵寮抽水站及南鯤鯓抽水站，然北門社區及永隆社區仍僅靠移動式抽水機組執行抽排作業，無法確實解決社區積淹水問題；且主流段部分區段護岸業已老舊破損，每逢豪雨即因滲流影響護岸結構安全。市府為避免急水溪由鯤江溝排水導灌及護岸破堤事件發生，另針對社區內水之抽排等問題，經積極爭取易淹水地區水患治理經費，分別已完成「鯤江溝排水閘門及堤防新建工程」5,000萬元及「北門區頭港排水及支流排水應急工程」3,582萬元，合計整治經費計新臺幣8,582萬元；另市府考量為再徹底解決抽排效益及改善老舊護岸結構，亦自籌經費辦理「北門區頭港排水護岸整建改善工程」、「北門區蚵寮北側部落防護改善工程」、「頭港排水護岸及鯤江溝排水護岸災修復建工程」、「頭港排水左岸下游段護岸填土工程」、「北門區永隆溝排水抽水平台應急工程」、「西埔中排左岸護岸改善工程」、「學甲區新頭港部落圍堤工程」、「學甲區舊頭港部落圍堤後續工程」及「學甲區光華里南1線道路改善工程」等案件，合計新臺幣1億2,775萬元。另經市府水利局積極向中央營建署及水利署爭取頭港排水整治經費結果，中央單位預計於104年度將核列「西埔內部落防護工程」、「北門區蚵寮抽水站抽水機及撈污機更新工程」及「北門區南鯤鯓抽水站抽水機及撈污機更新工程」等工程，合計新臺幣7,341萬元。
依據上述整治工程方案，不僅可避免急水溪外水於洪汛期間連通降低頭港排水通洪能力，針對鄰近地勢較為低落之聚落亦可採提升抽排方式達到圍堤防洪成效，對於北門區蚵寮、北門及永隆社區可大大提升防洪效益及安全。