水利局已於102年6月中旬完成二仁溪橋下電子廢棄物清理作業，目前進入場址解除列管程序中。台南市南區南山段1101及1100地號土地於98年發現疑似有害事業廢棄物棄置的情形，超出土壤污染管制標準，經調查結果，廢棄物包含1.含戴奧辛有害事業廢棄物2.含多氯聯苯有害事業廢棄物、3.含有害重金屬污泥/土壤、4.一般事業廢棄物(不可燃、含污染土方等)、5.印刷電路板、6.一般可燃性事業廢棄物、7.營建廢磚塊。
為避免電子廢棄物的棄置造成土壤污染擴散，水利局提出「二仁溪橋下沙洲台南市南區南山段1101及1100地號電子廢棄物污染清理計畫」，並獲得行政院環境保護署土污基管會經費補助。水利局說明，101年10月中旬進場辦理廢棄物清除作業，由本局詹副總工程司帶隊，經多次人力投入解決相關問題，於102年6月中旬終於完成電子廢棄物清除作業並自主網底重金屬檢驗為合格，並已將相關資料檢送市府環境保護局辦理管制場址解除列管作業。
水利局說明，目前除積極整治二仁溪汙染外，未來更朝向「乾淨水」、「不淹水」、「親近水」之三水政策及發展願景，期望解決二仁溪長久以來之汙染問題、還給民眾乾淨、安全的生活環境。