本淵寮及海尾寮社區分別位於本淵寮排水及海尾寮排水中游區域，屬曾文溪排水系統。兩條排水匯流後排入曾文溪排水，再排入鹽水溪排水，歷年來該二條排水因斷面不足，護岸高度亦不夠，因此每逢颱風、豪雨即造成附近社區、農地淹水，民眾苦不堪言，近年來市府及中央已共同投入30億元整治曾文溪排水、本淵寮排水、海尾寮排水及六塊寮排水。
水利局表示，本淵寮排水排水不良問題癥結，主要是安南區原本地勢就極為平坦，加上土地開發逕流量增加，排水系統未能全面配合整治，排水路通洪斷面及堤岸高度不足，排水坡度平緩，地勢較低漥地區重力排水不易，加上下游地勢較低，豪雨時受潮位之頂托，排水出口受阻水位抬高，排水不易，導致窪地、區內道路及住家發生淹水情事；因此水利局將本淵寮排水納入「易淹水地區水患治理計畫」爭取經濟部水利署預算辦理整治。
水利局說明，本淵寮排水整治工程共分三期施工，由市府與經濟部水利署第六河川局共同合作，第一期工程下游起1340公尺由水利局辦理，餘1110公尺分第二、三期施工由經濟部水利署第六河川局辦理，經費高達2億1,350萬元，另為搭配本淵寮排水堤後社區水路改善，經濟部水利署第六河川局協助A、B、C、D抽水站之興建，其經費1億9,289萬元，目前亦已全數完工，已建構起完整排水系統，經費在中央與地方協力籌措之下，含土地取得高達11億9,334萬元。歷經4年即將全線整治完成，本淵寮社區水患可獲大幅改善。
水利局進一步說明，為改善安南區淹水情事，海尾寮排水整治工程第一期工程0K+097~0K+450由水利局辦理，經費3,617萬元，另市府於102年編列4,024萬元整針對海尾寮排水改善，辦理海尾寮排水新設箱涵及防洪牆等應急工程，目前施工中，為搭配海尾寮排水排水堤後社區水路改善，經濟部水利署第六河川局協助E抽水站之興建，其經費3,498萬元，目前已完工；對於六塊寮排水市府亦於102年編列4,959萬元，辦理六塊寮1K+155~2K+320堤岸改建工程，目前施工中，經費在中央與地方協力籌措之下，含土地取得高達7億1,286萬元。另為配合曾文溪排水及海尾寮排水整治工程，本市立委協助，向交通部公路總局爭取「台17線本淵橋及海尾橋改建工程」經費4億元整，目前已完成委託規劃設計、監造技術工作案，預計103年10月完成細部設計上網公告。
賴市長本日率同水利局局長及當地議員、里長視察施工中之本淵寮排水工程，賴市長表示，本淵寮排水工程採河道拓寬堤岸加高，增加河道排洪能力，下游河道拓寬，本淵寮排水全線2450公尺完成整治及4座抽水站之興建，將可減輕本淵寮社區每逢豪大雨上游淹水之情勢。賴市長最後強調，以往「易淹水地區水患治理計畫」8年800億元治水工程，已有效降低臺南市轄內部份地區淹水機率，感謝立委協助爭取經費及臺南市議會同意編列預算，後續將繼續推動「流域綜合治理計畫」6年660億元治水工程，市府將持續向經濟部水利署爭取治水經費，希望再改善臺南市轄內尚未完成之淹水地區，保障民眾-生命財產安全。