近年來全球氣候異常，水文極端現象明顯，受災範圍與程度均遠較過去為劇烈，歐洲、中南美洲及美國均出現前所未見的大洪水，臺灣亦不例外，青鯤鯓抽水站位於青鯤鯓社區聚落南側，主要為保護青鯤鯓社區聚落，保護面積約19公頃與3700餘人。因既設抽水機組容量有限與相關硬體設備老舊，於今年規劃進行機組更新工程。
青鯤鯓抽水站更新工程設置之工程總經費為2,327萬元，臺南市政府於有限財源下，自籌經費1,827萬元由市庫負擔，去年亦同步向中央爭取納入「梅姬颱風臺南市易淹水地區急需改善工程」辦理，經市長及水利局長不斷積極爭取下，最終行政院同意由中央特別統籌分配款核定補助經費500萬元，設計完成後將於106年底辦理公開招標，預計將於108年2月前完工。
本工程規劃過程中經多方考量後決定保留既設機組，可在增建工程期間繼續保護青鯤鯓社區，本次增建工程將於站內增設3.6cms抽水平台等土建設施，1組1.8cms電動豎軸抽水機組及相關機電設備等，待增建工程完工後將既設機組將改為備用機組，並與新機組搭配使用以增加青鯤鯓社區於豪大雨期間逢高潮位時的防洪能力。
水利局補充說明，完成後的抽水站第1組1.8cms電動豎軸抽水機組正式加入防汛運轉操作，並視當年經費許可繼續辦理600萬元後續增購，裝設第2組1.8cms電動豎軸抽水機組，與更新站內老舊硬體設備，讓青鯤鯓抽水站提昇防洪能力及操作方便性。