8月28日康芮颱風及後續帶來豐沛雨量，其中新化區虎頭埤雨量站最大時雨量達106mm，最大24小時累計雨量達630mm，其他包括歸仁區達481mm、新營區達373mm鹽水區達325mm、六甲區達540mm以及玉井區達591mm，多數地區降雨都超過200年暴雨頻率，但是在本次超大豪雨考驗中，雖然造成台南市部份地區出現淹水災情，淹水面積達3,310公頃，但是淹水範圍已大幅減少，証明水患治理以及應急工程，確實發揮治水防洪功效。
在八掌溪至急水溪這個區域，治理重點主要包含岸內排水、羊稠厝排水、鹽水排水、田寮排水、錦湖排水、後鎮排水、菁寮排水及下茄苳排水等排水系統，本區改善前淹水面積達5,000公頃，本次康芮颱風淹水面積為2,164公頃，淹水面積已大幅減少，其中後鎮排水及羊稠厝排水於本次康芮颱風並無淹水狀況，而岸內排水更由改善前淹水面積260公頃減少至70公頃，治理成效卓著。
在急水溪至曾文溪區域，治理重點為八老爺排水、南八老爺排水、麻豆排水、埤頭排水、總爺排水、總爺排水及石子瀨排水等排水，改善前淹水面積3,000公頃，本次康芮颱風淹水面積為120公頃，淹水範圍已大幅減少，其中將軍溪排水、番子田閘門及學甲豐華社區治理成效良好，而德安寮、東平寮、客子寮村落圍堤工程效果亦相當卓著，本次康芮颱風均無淹水現象發生；龜子港排水整治成效亦相當良好，改善前淹水面積450公頃，康芮颱風淹水面積為40公頃；另麻豆排水、埤頭排水及總爺排水改善前淹水面積為1,320公頃，本次康芮颱風淹水面積為80公頃，目前埤頭排水應急工程施工中，完工後將可達10年重現期不溢堤之保護標準，降低淹水之風險。
在曾文溪至鹽水溪區域，治理重點為安定排水、溪尾排水、茄拔中排、山上排水、新市排水、新市火車站雨水下水道規劃、虎頭溪排水、衛生1號排水唪口橋改建工程、關廟區應急工程、鹿耳門排水系統、曾文溪排水、安南區新設五座永久抽水站及六塊寮排水等整治工程，改善前淹水面積為2,132公頃，本次康芮颱風淹水面積457公頃，淹水範圍已大幅改善。
在鹽水溪至二仁溪區域，治理重點為永康排水系統、柴頭港溪排水、港尾溝溪排水、大甲排水、後壁厝排水、上崙排水、一甲土庫排水、仁德排水、大灣中排、太子廟中排、喜樹灣裡排水及三爺溪堤後引水幹線9條等治理重點，改善前淹水面積為3,800公頃，本次康芮颱風淹水面積803公頃，淹水範圍已大幅改善。
賴市長上任以來，將治水列入優先施政，並自行編列2年16億市預算進行治水應變工程並與中央聯手治水，並於8年800億治水特別預算裡爭取172億7千多萬元，目前包括第一階段將軍溪、月津港地區排水等136件已全部完工，第二階段將軍溪排水華宗橋上游段改善工程、麻豆客子寮聚落保護等274件也已全部完工，第三階段本淵寮及海尾寮、文賢排水及大甲四區小排一自動水閘門工程等109件，預計103年5月底前可全數完工。
本市所轄排水考量全段整治經費龐大，現有治水預算及中央補助經費尚無法支應，爰造成排水皆未完成整治形成缺口，治理效益將大打折扣。考量現有經費有限，以治理方式角度恐無法因應大台南市，爰須採以應急方式投入有限資源，以有效提升防洪效益。
市府未來將向中央爭取持續推動四區治理改善工程，八掌溪至急水溪急需優先辦理菁寮排水、岸內排水、鹽水排水等3件整治工程，經費2,422,127仟元；急水溪至曾文溪急需優先辦理麻豆排水(含總爺、埤頭)、龜子港排水(含八老爺、南八老爺)、北門及錦湖地區排水等8件整治工程，經費3,856,948仟元；曾文溪至鹽水溪區域則急需優先辦理虎頭溪排水、鹽水溪排水(含新吉、海尾寮、六塊寮)等2件整治工程，經費901,550仟元；鹽水溪至二仁溪區域則急需優先辦理三爺溪排水、港尾溝溪排水、鹿耳門溪排水等3件整治工程，經費2,319,375仟元。四區治理改善工程經費總計95億元。
此外，對於防護設施不足之地區，以應急工程方式先行保護或補強，包括以應急抽水站工程提升防汛整備能量，目前永康分洪抽水站尚不足6台抽水機(4CMS)、安定抽水站尚不足2台抽水機(2.5CMS)、謝厝寮抽水站尚不足2台抽水機(2.5CMS)、虎頭溪排水以北勢舊堤、道路堤防加高段及新建改善護岸段保護、曾文溪排水灌溉圳防護，利用海寮分線灌溉圳作為曾文溪排水溢堤時之第二道防線，保護面積約為194公頃、菁寮排水以應急工程先行保護；岸內排水及龜仔港排水以應急工程方式加以補強。
沿海六區之整治，以老舊瓶頸段護岸改善拓寬、增設抽水機組以快速排除內水、收納魚塭管線避免阻礙通水斷、堤岸加高避免外水入侵、增側防潮閘門阻擋外海潮水。