水利局為提升防災預警效能，化被動為主動，除持續推動相關治水工程外，亦對非工程防災措施相當重視，明(105)年度爭取水利署500萬元非工程措施經費補助，業已獲得水利署通知納編明年度預算，預計再建置4座水位站、1座雨量站、6座影像即時系統、3個易淹水地區自主防災社區及3台移動式抽水機。
縣市合併後，本市的重要排水系，包括菁寮水系、後鎮水系、麻豆排水系、虎頭溪排水系、永康排水水系、三爺溪排水水系、港尾溝排水水系，幅員廣闊，各區域排水水系防洪條件亦不一樣，水利局除持續針對各水系的防洪條件，設計各種應急工程加緊治理外，對推動非工程防災措施這部分也加緊努力，目前已在這些水系重要的排水道段設置62座水位站，12座雨量站，8座影像即時系統均已投入監測的行列，使這些水位站、雨量站及影像即時系統由點連成線再連成面，能全面監測本市的排水水系遇颱風豪雨時水位變化情形，而由這些水位、雨量變化資料，可以判斷出上游集水區降雨情形，透過水位站所測得之水位值輔以即時影像，可提供給沿岸低窪區域所預佈280台移動式抽水機啟動及21個易淹水地區自主防災社區之參考，化被動為主動，將可大大提升防災預警效能及救災應變預佈調度。
水利局進一步表示，經這幾年颱風豪雨的驗證，這些非工程防災措施都發揮了功能，例如新化區新和庄、歸仁五甲教養院等這些特別低漥地區，就利用水位站，當偵測到水位到達警戒有可能溢堤時，除自動通知應變中心外，設於該地區的警示燈會警示並發出警報。為防範風大雨大或半夜時，當地居民不易察覺是否已達警戒水位，新和庄鄰長家中或教養院值勤室之警示燈也會同步發出警示及警報，並同一時間自動發簡訊通知當地派出所、消防分隊及公所、里長前往疏散居民避難，大大爭取撤離時間，使當地居民更安心。
水利局將持續推動非工程防災措施，使工程手段與非工程措施相輔相成來達到降低本市淹水風險的目標。