近年來由於全球氣候異常，水文極端現象明顯，受災範圍與程度均遠較過去為劇烈，本市麻豆區埤頭排水因地勢低窪，易受麻豆排水回水及感潮段影響，內水不易排出，每逢重大颱風豪雨來襲時，易造成埤頭里、小埤里及市區圓環等地區積淹水，影響人民生命財產安全甚鉅。105年0927梅姬颱風來襲，連日豪雨造成麻豆排水水位高漲不退，埤頭排水雖無發生溢堤，其沿岸聚落之內水無法靠重力排出，需完全仰賴抽水機組日夜連續操作抽排；經多日強降豪雨，上游地區之雨水迅速流至埤頭里永安宮（地勢最低窪），使永安宮水位迅速上升，造成抽水機排洪不及、機組浸水等現象。而東側鄰近高速公路地區之雨水匯流至小埤里，使排水路（小埤頭小排一之一及小埤頭中排二）水位上升居高不退，造成抽水機長時間運作負荷過大，故障維修作業亦嚴重影響抽水機排洪功效，另麻豆區雨水下水道大多匯流至市區圓環，經由171線下水道流至埤頭排水，逢暴雨時因通洪斷面不足造成市區積淹水情形。
有鑑於此，本局近年積極推動各項水利建設，淹水風險已有大幅改善，但仍有瓶頸及缺口尚須改善及補強，故本局提出「臺南市易淹水地區急需改善工程」向中央爭取經費，為求時效，本局已先行辦理測設工作，有關麻豆區易淹水地區急需改善工程共核列「麻豆區小埤里排水改善工程」、「麻豆永安宮閘門工程(含抽水機)」及「麻豆市區收集水路新建工程」等3件，編號1主要工程內容於小埤里鄰近高速公路之側溝加高、自動閘門及舌閥、聚落排水出口增設移動式抽水機0.3cms * 3台等，核定經費為1500萬元，業已於106年10月申報開工，編號2主要工程內容於埤頭里永安宮外裝設自動及垂直閘門、抽水站廠房及發電機組、增設抽水平台及移動式抽水機0.3cms * 4台等，核定經費為2150萬元，預計於106年11月完成發包，編號3主要工程內容於高速公路以東規劃新建下水道箱涵，將新興街及新生北路之雨水分流至小埤頭中排二，減輕市區圓環之負擔，預計於107年2月完成發包，以強化麻豆區易淹水防洪能力及減緩積淹水災情。
埤頭排水為麻豆排水重要支流之一，埤頭排水系統總長3.8公里，前期共核定12件工程皆已完工，工程總經費7億7,000萬元，完成後不僅埤頭排水治理河道斷面拓寬，並將渠道內之土方、舊堤清淤拆除，提昇排洪效益。同時再配合「麻豆區小埤里排水改善工程」、「麻豆永安宮閘門工程(含抽水機)」及「麻豆市區收集水路新建工程」，即可加速將內水迅速排出，屆時將使小埤里、埤頭里及市區圓環居民避免遭受淹水災損。
面對未來日漸極端的降雨趨勢，本府日後仍將針對將軍溪排水系統積極爭取經費辦理治水工程，使麻豆地區之淹水風險減至最低，民眾早日脫離淹水之苦並營造自然安全的水環境，達到治水、利水、保水、親水、活水之最高目標。