市府水利局以「山海圳綠道」為基礎，逐步延伸出「雙博物館路線」，為串連形成「雙博物館路線」，本次市府水利局規劃二仁溪水岸自行車道工程其起點位在台17甲省道南萣橋北端，沿二仁溪北側右岸，至終點台1省道二層行橋，經市府水利局局長率相關同仁持續努力向教育部體育署爭取經費2226萬元，加上市府自籌近954萬元，計劃總金費共3180萬，使雙博物館路線朝實現的夢想更邁進一步。
臺南雙博物館路線是由國立臺灣歷史博物館沿鹽水溪下至安平，經黃金海岸再上溯二仁溪至奇美博物館之自行車道，不但可以往北接續山海圳綠道，也可藉由二仁溪水岸自行車道串聯全國自行車道路網的環島山線與環島海線，更是臺南市推動綠色水岸旗艦型計畫中之重點計畫。
二仁溪水岸自行車道工程其起點位在台17甲省道南萣橋北端，沿二仁溪北側右岸，至終點台1省道二層行橋，總長約6公里，自行車道平均寬度約2.5公尺。本工程利用堤頂通道作為人行及自行車道通行，多處既有路口及部份路段極需進行銜接處理，其中遭遇位於三爺宮溪-二仁溪及大甲排水-二仁溪兩處斷點，為增加自行車道的暢通性與舒適性，故增設2座橋樑克服斷點，大大增加自行車道路線上便利性與暢通。本工程其主要目標為串連雙博物館路線，貫通從國立臺灣歷史博物館至奇美博物館的都市綠色交通廊道，構建兼具民眾休閒、通勤之自行車步道與林蔭綠帶，並建構二仁溪與三爺宮溪交會處的自行車步道的順暢與延續性。整合人行與自行車引導系統及休憩服務建構一套完善的設施系統。