為鼓勵大臺南漁業養殖使用地面水為主要水源，減少抽用地下水，達到防止地層下陷之成效，減少易淹水面積增加，並增加養殖戶意願，減輕農民負擔，本局減免農業用水水權及臨時用水展限登記費新台幣1200元。
農漁業養殖業為本市重要產業，本市有將近半數人口從事農漁養殖，所以其每年產值，也深深影響到市民生活活動，基此市府將發展農漁養殖產業，視為一項重大施政，本局一方面配合此重大施政，一方面為鼓勵農漁養殖多使用地面水減少抽用地下水，達到防止地層下陷之成效，減少易淹水面積增加並同時減輕農漁民之負擔，自102年1月1日起將原地面水權展限規費2700元，減免其中之登記費1200元，使農漁民申請地面水權展限時只需繳規費1500元即可。
依據水利署近來之檢測，本市地層下陷速率已明顯趨緩，101年度更低於3公分以下，本局為保持此成果並進一步達預防地層下陷之目標除積極面稽查取締封填違法水井，更從鼓勵面減免相關使用地面水規費，期能有效防治地層下陷，落實地下水保育工作，減少淹水面積之雙贏目標。