「海岸管理法」施行後，其施行細則及相關管理辦法等5項子法，亦於105年2月1日訂定發布。經公告位屬海岸地區之區域，以生態保育及資源保護為主劃設的「一級海岸保護區」，原則禁止改變其資源條件的使用，如原合法使用但不合「海岸保護計畫」者，依規定則須限期變更使用或遷移；另外位屬「一級海岸保護區」以外之7大「特定區位」之地區，涉一定規模開發及使用條件者，則須採專案申請許可，由地方地府初審後轉送中央機關核定。
「一級海岸保護區」的劃設，由中央機關經調查後，符合重要水產資源保育地區、珍貴稀有動植物重要棲地及生態廊道、特殊景觀資源及休憩地區、重要濱海陸地或水下文化資產地區、特殊自然地形地貌地區、生物多樣性資源豐富地區、地下水補注區、經依法劃設之國際級及國家級重要濕地及其他重要之海岸生態系統以及其他依法律規定應予保護之重要地區等9項條件，都應依規定劃為「一級海岸保護區」。另外會劃設為「特定區位」之區域，則包含近岸海域、潮間帶、二級海岸保護區、海岸防護區、重要海岸景觀區（保障視覺景觀及天際線）、最接近海岸第一條濱海道路向海之陸域地區（發展遲緩或環境劣化地區）以及其他經中央主管機關指定之地區等7大特定區位。
位屬一級海岸保護區以外之「特定區位」，一般民眾可能涉及之開發利用或申請使用，在陸域地區，其面積達1公頃、長度達1公里或總樓地板面積達2,000平方公尺；屬於「海岸重要景觀區」其建築或設施高度超過10.5公尺；改變海岸自然狀態面積達330平方公尺或長度達100公尺等條件，即須採專案向中央主管機關申請許可，地方政府則僅協助辦理程序初審及相關作業。
由於海岸地區劃設後，將某程度影響地區之開發建設強度，臺南市政府於海岸地區正式公告前，經過積極向中央反應及爭取，將原有96年初步劃設之「陸域地區」約2萬3,000公頃，排除了七股區及將軍區台17線至台61線間範圍、安南區臺南科技工業區、安平區永華市政中心周遭範圍及南區安平工業區等區域，縮減至約1萬5,000公頃，減少劃設面積約8,000公頃，替臺南市經濟、觀光及都市發展保留更大的發揮空間。後續涉及實質管理內容及區位劃設之「整體海岸管理計畫」目前正由中央機關研擬中，並預訂於106年2月4日前完成公告，臺南市政府亦將持續積極向中央建議協商合理適度的計畫內容及相關區位，以尋求生態保護、災害防護及都市發展3贏局面。