臺南雙博物館自行車道路線中王城路至健康路，沿線串連安平古堡、億載金城、林默娘公園及臺南運河等景點，為整條自行車道路線亮點路段。該工程為水利局向教育部體育署爭取補助1,142萬元施工，全長6,355公尺，寬度1.3－3.5公尺，屬於自行車、人行共用道，已於105年7月28日完工，搭配未來交通局設置自行車租賃站(T-Bike)，提供市民一條安全舒適，富含歷史、文化深度的水岸自行車道，可達成本市塑造低碳生活環境的目標。
市府水利局以「山海圳綠道」為基礎，考量臺灣歷史博物館、奇美博物館雙博物館結合，逐步延伸出「雙博物館自行車道」，本工程為「雙博物館自行車道」亮點路段，其起點位在鹽水溪堤頂自行車道水鳥公園，目前完工路段僅到健康路三段與新樂路之交叉口，全長6,355公尺騎程，沿線可經乾隆海堤、臺南運河、安平古堡、安平漁港、德陽艦、億載金城等，可供當地民眾及外地遊客除體驗騎乘自行車古蹟巡禮外，沿途安平老街可以品嚐牛肉湯、鮮蝦餅、蚵嗲及棺材板等各式臺南在地美食。
臺南雙博物館路線起點位於國立臺灣歷史博物館沿山海圳綠道銜接至九份子重劃區，騎乘在九份子重劃區及生態池周邊小徑可接往鹽水溪堤頂自行車道，依循該既有自行車道可抵達安平歷史文化園區，騎乘者沿途歷經臺南安平古蹟，最終可騎至黃金海岸龍岡海景天橋，經黃金海岸自行車道再上溯二仁溪至奇美博物館，不但可以往北連結山海圳綠道，也可藉由二仁溪水岸自行車道串聯全國自行車道路網的環島山線與環島海線，是臺南市推動綠色水岸旗艦重點計畫，市府期望藉由自行車道建置鼓勵大眾，將自行車作為觀光及通勤的交通工具，讓親近臺南的大眾一邊騎乘一邊探索臺南市豐富的歷史人文及自然景觀資源。