為改善本市三爺溪排水流域一帶淹水問題，臺南市政府水利局除積極辦理各項應急加高工程外，並亟力辦理河道疏濬，以提高現有河道通水能力。經爭取經濟部水利署第六河川局委託辦理「三爺溪排水洋子下橋至後壁厝排水河道疏濬工程」，總委託代辦經費2,300萬元。工程已於104年2月1日開工，預定於104年汛期前完成本段河道浚深，將有效減低上游水位，提高保護標準。
水利局表示，治水工作為市府施政四大基本功之一，其中三爺溪排水主流流經本市永康、仁德兩區，河道兩岸多為低漥地區，積淹水情況嚴重。為改善本區域積淹水問題，水利局除投入經費積極辦理各項應急加高、抽水站及堤後排水工程外，亦同步辦理既有河道疏濬工作，清除河道長年淤積，提高通水斷面。因三爺溪排水全段疏濬經費過高，採分段疏浚方式辦理。其中三爺溪排水土庫溝排水至仁德橋上下游河段，水利局已於103年完成疏濬，並於康芮颱風期間有效發揮功用。
水利局表示，本次接續辦理「三爺溪排水洋子下橋至後壁厝排水河道疏濬工程」，工程預計將河道疏濬至計劃渠底高程，清淤量約7,645立方公尺，並於兩岸堤防基礎打設混凝土基樁，以保護堤防基腳，避免因河水沖刷造成堤防基腳掏空破損。另經現地實測，發現洋子下橋下方既有混凝土座槽，高出計劃渠底高程約1公尺，不僅造成上游泥沙易淤積，更使上游三爺溪水位易產生迴水壅高情形，將一併予以敲除並依據計劃渠底高程重新施作。
水利局估計，本工程完工後，應可降低三爺溪排水上游水位約30公分，配合陸續完工的三爺溪主支流各項應急加高、抽水站及堤後排水等工程，將可有效提高三爺溪排水洋子下橋上游之保護標準，改善永康、仁德區域淹水問題。