依據環保法令規定，排放量達每日5000噸以上的公共污水處理廠，需要在107年底前完成放流水自動監測系統，並於108年1月1日上傳環保機關網站，水利局特別借此機會，向內政部營建署爭取1千多萬的經費補助，進行放流水自動監測系統建置工程，經本局承辦同仁、施工廠商、監造廠商的努力，及環保局協助指導下，已如期完成監測數據正式上線作業，即日起民眾可透過環保局網站查詢臺南市公共污水處理廠放流水水質監測資料，瞭解及監督污水處理的實際情形。
有別於傳統依靠人工進行分析所需時間較長，1天大約只有1筆水質監測數據，對於突發性狀況難以即時察覺因應，放流水自動監測系統上線後，每5分鐘就會產生1筆監測數據，環保機關跟水利局管理人員可24小時監控污水處理廠水質狀況，若有異常情形，更可透過手機APP或簡訊方式發送警報，以爭取緊急應變時效。
放流水自動監測系統在建置測試階段時，已有發現污水處理廠操作與放流水質連動關係，並提供污水廠操作調整參考，未來隨著監測數據累積，搭配污水廠操作參數、維護紀錄等比對，將可更準確找出污水廠操作上或設備功能上能更精進之處，進而提昇污水廠操作效能，以發揮放流水自動監測系統的最大效益。