為改善三爺溪排水污染，市府水利局爭取中央經費興建萬代橋水淨場，並於103年底啟用至今。考量三爺溪排水仍有污染，周邊用地取得不易難以新闢水淨場，而既有水淨場仍留有功能提升空間，爰研擬計畫向中央爭取前瞻計畫經費，並於今(107)年獲核定經費7,050萬元辦理，工程完工後預計每日額外削減生化需氧量155.8公斤、懸浮固體物246.1公斤及氨氮209公斤，約為三爺溪總污染量的12%，成效可期。
多年前，二仁溪流域河川污染舉世聞名，因為又黑又臭，被戲謔為台灣的「黑龍江」。二仁溪流域周邊人口眾多，河川污染也嚴重影響民眾生活品質，自不應忽略環境衛生問題，因此，市政府、環保署與民間團體自94年開始合力整治這條「黑龍江」，嚴重污染河段比例從92年的100%降至106年33.3%，已經有明顯成效。
而三爺溪為二仁溪支流，流經台南市仁德區、歸仁區、永康區、東區及南區，除了沿線生活污水亦有工業廢水流入，污染量較大，是當前重點整治目標，目前已經完成虎尾寮水資源中心截流設施、三爺溪水質淨化場、萬代橋水淨場及仁德排水水淨場等多處水質淨化設施。
萬代橋水淨場截流箱涵晴天污水，讓污染在進入三爺溪前先行處理再放流進排水，啟用以來已經貢獻不少污染削減量。然而，箱涵晴天污水量並不穩定，加以考量三爺溪仍尚有污染情形，市府向中央爭取前瞻計畫進一步提升萬代橋水淨場功能，截取仁德排水進行處理，並已獲得核定工程總經費7,050萬，將於近期發包工程施作，預期將截取仁德排水每天9,500噸水量進場處理。
仁德排水是三爺溪支流，主要污染來源與三爺溪同為生活污水及工業廢水，每天水量視豐枯水期約有10,000至30,000噸，本次工程完成後，預期將截取仁德排水每天9,500噸進萬代橋生態礫間淨化場來處理，可以去除約12%三爺溪總污染量，對於排水水質改善必有一定成效。
為營造本市親水環境，水利局不遺餘力積極辦理水質淨化工程淨化水體環境，持續推動市府親水大台南的旗艦計畫，達成「不淹水，乾淨水，親近水」重要目標，期在政府與民間共同的努力下，營造更好的生活品質。