市府自107年1月1日起優先針對事業、機關及學校用戶開徵污水下水道使用費，開徵初期可望為市庫增加約1千萬元收入，為污水下水道系統永續經營邁出一步。
市府水利局表示，基於使用者付費原則，下水道法中明訂用戶使用下水道應繳納使用費，爰依「臺南市污水下水道使用費徵收自治條例」報經市議會同意訂於107年1月1日起優先針對事業、機關及學校開徵污水下水道使用費，並以自來水用水量每度10元計費，繳納污水下水道使用費者，則免繳納水污染防治費，一般民生用戶不在本次開徵範圍。
考量部分環保局列管事業排放之廢(污)水質近似於民生污水，如屬醫院、醫事機構、餐飲業、觀光旅店(飯店)、百貨公司及零售式量販業等事業別，為減少事業放流水排入側溝影響周邊環境品質，市府開放放流水質與民生污水相似的事業銜接公共污水下水道系統，透過繳交污水下水道使用費，由公共污水下水道系統處理其排放的廢（污）水，此一政策獲得市府及相關事業用戶支持。目前已有25家業者成為公共污水下水道系統用戶，事業用戶使用費收入概估每年約800萬元，連同機關及學校使用費收入，開徵初期可望為市庫增加約1千萬元收入。
目前已開徵污水下水道使用費之縣市有臺北市、桃園市、臺中市、高雄市、基隆市、新竹市及嘉義縣，事業用戶之費率分別在5~12元不等，部分縣市除了按用水量計算基本費，另按排放水水質計算處理費用。市府水利局依自治條例規定計算使用費費率為每度10元，按自來水之用水量計收，所徵得的費用將應用於污水下水道系統清查檢修、水質檢測、設施更新及自來水公司代徵手續費等營運管理相關事項，俾利污水下水道系統永續經營。
水利局表示，為提高繳費便利度，已委託自來水公司隨水費代徵收污水下水道使用費，費用計算以自來水用量與使用費費率相乘，亦方便用戶日後查對。
市府水利局強調，目前開徵對象僅針對事業、機關及學校用戶，不會對家戶開徵收費。此外，為鼓勵民眾主動申請銜接公共污水下水道系統，鼓勵接管期間，民眾依「臺南市政府水利局用戶申請接入污水下水道系統作業須知」向水利局申請，銜接公共污水下水道的費用得由市府支應，共同提升市民生活品質，打造宜居城市。