運河近日發現死魚狀況，引發外界關切是否係水質污染造成，水利局表示，經2月24日市府環保局水質初步水質採樣結果水溫22.1度、PH值6.67及溶氧量5.39ppm皆屬正常，且污水截流站正常操作並未開啟，研判應該是氣侯變化太大，運河的底污泥翻攪，造成氨氮偏高，導致魚群死亡，死魚已由環保局撈除避免二務污染，另外環保局已採樣近一步化驗水質，以釐清死魚發生原因。
台南市政府水利局澄清近日無大量降雨，五座截流站未達警戒水位並未開啟截流閘門，民生污水不會排入運河，截流與用戶接管之民生污水均依污水處理廠處理流程處理後排放安平港內海，應非為造成運河死魚之元兇。針對外界關心應徹底落實雨污分流，水利局表示，近幾年經過大力推動污水用戶接管，安平運河周圍11萬多用戶，目前已有10萬戶進行污水接管，安平污水系統接管率近9成，剩餘因台南巷道狹小管線密集及舊社區房屋老舊無法施工等因素無法接管，故仍需藉由截流站將晴天污水截流送入安平水資源回收中心確保運河水質不受民生污水影響。
水利局強調，除了沿岸有5座截流站之外，已完成望月橋以東處28座截流點及30幾間餐廳污水截流，此外，經清查望月橋以西仍有14處民生污水經由下水道箱涵，側溝及管涵流入運河，已向中央爭取前瞻基礎建設經費，以徹底解決污水排入問題。