101年度施政目標與重點
治水應以系統化思維進行綜合治水對策的研擬，包括以生態規劃為河川治理原則，從流域系統、順應河性、生態環境融合等觀念進行整體規劃與思考，水利局因此積極推動流域綜合治水，強化河川、水庫疏浚，坡地、海岸水土保持與管理，亦持續執行雨水下水道建設，建構完整都市排水系統，確保量足、優質、永續之水資源及加強水資源保育管理。
另方面落實污水下水道建設及水質淨化設施，提升優質生活環境品質與回收水再利，對於監控水情及防災搶險方面，建立各分區迅速回應機制，進而達成全天候24小時監控，打造本市為不淹水城市，進而提升生活品質與城市競爭力。
水利局配合行政院101年度施政方針，依據市府中程施政計畫及101年度施政綱要，並針對當前市政現況，配合市政未來發展需求，編定101年度施政計畫，其施政目標與重點如次：
年度施政目標
一、推動非工程措施計畫：（業務成果面向）
（一）整合全市防洪設施納入水情監控系統、加裝移動式抽水機GPS以及重要區域排水設置水位計、導入淹水模擬分析介面。
（二）推動建立自主防災社區，強化非工程手段防災措施之落實。
二、落實地下水保育及水資源永續利用政策：（業務成果面向）
（一）對於違法水井的處置及水質水量保護區水源保育與回饋計畫執行計畫。
（二）持續辦理大臺南抗旱工作。
三、加強區域排水、中小排水水利工程建設，維護各河川、排水暢通，杜絕水患，保障人民財產安全：（業務成果面向）
（一）改善重要農田及社區區域排水系統，促進農業產值，提升安全社會，促進生活環境品質升級。
（二）辦理區域排水改善工程，執行測量設計施工。
（三）改善維護各中、小排水，提高農工業生產，改善環境衛生，確保人民生命財產安全及雨期中交通之安全。
（四）辦理中小排水銜接改善工程，執行測量設計施工。
（五）加強排水改善工程維護，配合並補助各區公所辦理零星排水改善工程。
（六）配合「易淹水地區水患治理計畫」，辦理急要段疏浚工程及用地取得及拆遷補費。
四、加強排水疏浚工程建設，維護各排水路暢通，杜絕水患：（業務成果面向）
（一）配合「易淹水地區水患治理計畫」，辦理急要段疏浚工程及用地取得及拆遷補費。
（二）辦理各區域排水及中小排水疏浚工程。
五、落實水利建造物安全檢查及維護管理：（業務成果面向）
（一）落實水利建造物安全檢查。
（二）委託辦理水閘門操作、維護及管理及滯洪池及抽水站操作、維護及管理。
（三）對於抽水站、水閘門更新、整修工程。
六、落實水利建造物之維護管理：（業務成果面向）
（一）委託辦理水閘門操作、維護及管理及滯洪池及抽水站操作、維護及管理。
（二）對於抽水站、水閘門更新、整修工程。
（三）加強落實水利建造物之更新，確保防汛期正常發揮禦潮及排洪功能。
七、加強山坡地監督及管理、落實治山防洪工程、減輕坡地崩塌及土石流災害：（業務成果面向）
（一）辦理山坡地水土保持生態教育、宣導、解說及訓練等相關工作。
（二）辦理土石流潛勢溪流防災宣導、演練業務。
（三）辦理山坡地治山防洪暨邊坡崩塌地處理。
（四）辦理沙洲潟湖緊急復育防災工程。
八、加速污水下水道建設，提升公共污水下水道普及率：（業務成果面向）
（一）持續辦理安平、官田及柳營系統新營分區用戶接管工程。
（二）推動鹽水、永康、仁德污水下水道系統。
九、持續推動二仁溪、鹽水溪及運河水質淨化工程：
（一）辦理二仁溪（三爺溪）水質污染改善工程，改善二仁溪水質。
（二）辦理永康排水水質淨化場工程，改善鹽水溪水質。
（三）持續辦理安平污水下水道系統用戶接管工程，改善運河水質。
十、維持抽水站正常運轉及雨水下水道建設維護：（業務成果面向）
（一）對於本市喜樹、鹿耳門、鯤鯓、灣裡、北安、安平、C3、抽水站委外操作及辦理相關雨水下水道建設維護工程、規劃設計費及緊急搶修等業務。
（二）辦理振興經濟擴大公共建設投資計畫及莫拉克颱風特別預算-雨水下水道清疏及復建工程。
十一、違法水井處置及水質水量保護區水源保育與回饋計畫執行面向：（行政效率面向）
對於違法水井處置政策的宣導及違法水井清查，輔導相關申報作業，並增加違法水井巡察、違法水井填塞及對於舉發新增違法水井者將給予獎勵等作法，積極執行水質水量保護區水源保育與回饋計畫。
十二、提升人力資源素質，落實終身學習觀念：（組織學習面向）
強化同仁終身學習觀念，提升參與學習意願。
十三、提高預算執行力：（財務管理面向）
有效運用年度歲出分配預算，提高預算執行效率，並樽節各項支出。同時參考前一年度決算情形，確實檢討已過時或不具效益之計畫，配合市府當前施政重點，有效配置資源，擬定未來年度預算。